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- PDB-3tnd: Crystal structure of Shigella flexneri VapBC toxin-antitoxin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tnd
タイトルCrystal structure of Shigella flexneri VapBC toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin VapB
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTRANSLATION / TOXIN / PIN domain / SpoVT/AbrB-like domain / Ribonuclease / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain ...Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Ribbon / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / Antitoxin VapB
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dienemann, C. / Boggild, A. / Winther, K.S. / Gerdes, K. / Brodersen, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the VapBC Toxin-Antitoxin Complex from Shigella flexneri Reveals a Hetero-Octameric DNA-Binding Assembly.
著者: Dienemann, C. / Boggild, A. / Winther, K.S. / Gerdes, K. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin VapB
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin VapB
E: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
F: Antitoxin VapB
G: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
H: Antitoxin VapB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,06521
ポリマ－96,9628
非ポリマー1,10313
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26700 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area34700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.403, 91.403, 549.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-95-

HOH

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要素

#1: タンパク質
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14836.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 2a / 遺伝子: CP0245, mvpA, stborf2, vapC / プラスミド: pKW812HB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3)
参照: UniProt: O06662, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
Antitoxin VapB


分子量: 9404.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 2a / 遺伝子: CP0246, mvpT, vapB / プラスミド: pKW812HB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: O06663
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris, 1M ammonium sulphate, 0.5% (v/v) PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.94645
シンクロトロンMAX II I911-221.04002
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年4月15日
MAR CCD 165 mm2CCD2011年5月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Silicon (111) channel-cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Bent Si (111) crystal, horizontally focusingSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946451
21.040021
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 43852 / Num. obs: 43720 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.6-2.661,297.3
2.66-2.741,299.8
2.74-2.821,299.9
2.82-2.91,299.9
2.9-31,2100
3-3.11,2100
3.1-3.221,2100
3.22-3.351,2100
3.35-3.51,2100
3.5-3.671,2100
3.67-3.871,2100
3.67-4.11,2100
4.1-4.391,2100
4.39-4.741,2100
4.74-5.191,2100
5.19-5.81,2100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→39.615 Å / SU ML: 0.78 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1783 4.58 %
Rwork0.1824 --
obs0.1849 38932 99.93 %
all-43720 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.559 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7565 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.7565 Å2-0 Å2
3----11.5131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6280 0 57 205 6542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8388691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4392401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.39641350.28972793X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.85460.38061340.26852773X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-2.94670.29121330.22292781X-RAY DIFFRACTION100
2.9467-3.0520.27851360.20812798X-RAY DIFFRACTION100
3.052-3.17410.26731330.19912768X-RAY DIFFRACTION100
3.1741-3.31850.25211340.19812804X-RAY DIFFRACTION100
3.3185-3.49340.26251360.19192814X-RAY DIFFRACTION100
3.4934-3.71210.23561350.17472824X-RAY DIFFRACTION100
3.7121-3.99850.22451370.16222860X-RAY DIFFRACTION100
3.9985-4.40040.19841380.13852881X-RAY DIFFRACTION100
4.4004-5.0360.20621380.14172897X-RAY DIFFRACTION100
5.036-6.34070.20121410.18512966X-RAY DIFFRACTION100
6.3407-39.61930.22911530.19593190X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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