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- PDB-3tmh: Crystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tmh
タイトルCrystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 in complex with cAMP-dependent protein kinase A type II alpha and PDZK1
要素
  • A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
  • Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / alpha helical bundle / PDZ fold / Anchoring protein / PKA / PDZ proteins / membrane / TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / carnitine transmembrane transport / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Hedgehog 'off' state / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity ...positive regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / carnitine transmembrane transport / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Hedgehog 'off' state / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / scavenger receptor binding / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / nucleotide-activated protein kinase complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / positive regulation of protein localization to membrane / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A binding / microvillus membrane / small molecule binding / protein kinase A catalytic subunit binding / brush border / plasma membrane raft / axoneme / positive regulation of protein targeting to membrane / transporter activator activity / cAMP binding / protein-membrane adaptor activity / T-tubule / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / brush border membrane / modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / apical plasma membrane / protein domain specific binding / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / centrosome / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / : / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / PDZ domain / Regulator of G protein signaling domain ...A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / : / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / PDZ domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / PDZ domain / Pdz3 Domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / PDZ domain / RmlC-like jelly roll fold / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A-kinase anchor protein 10, mitochondrial / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sarma, G.N. / Phan, R.H. / Sankaran, B. / Taylor, S.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Differential mode of D-AKAP2 to PKA isoforms: Insights from D-AKAP2 PKA RII PDZK1 ternary complex structure
著者: Sarma, G.N. / Phan, R.H. / Sankaran, B. / Taylor, S.S.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
E: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
F: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
H: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
I: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
L: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,26210
ポリマ－65,26210
非ポリマー00
水1448
1
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
E: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
F: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
H: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
I: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
L: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial

A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
E: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
F: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
H: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
I: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
L: A-kinase anchor protein 10, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,52420
ポリマ－130,52420
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area24670 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area46620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.472, 121.472, 88.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
42
13
23
33

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 375:456 )
211chain E and (resseq 375:456 )
311chain I and (resseq 375:456 )
112chain B and (resseq 8:43 )
212chain C and (resseq 3:41 )
312chain F and (resseq 5:43 )
412chain G and (resseq 7:39 )
113chain D and (resseq 635:662 )
213chain H and (resseq 640:662 )
313chain L and (resseq 636:662 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 / NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi ...NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi cotransporter C-terminal-associated protein 1 / NaPi-Cap1 / PDZ domain-containing protein 1 / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 3


分子量: 9277.620 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 375-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDZK1, CAP70, NHERF3, PDZD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5T2W1
#2: タンパク質・ペプチド
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5542.311 Da / 分子数: 4
断片: Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkar2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12368
#3: タンパク質・ペプチド A-kinase anchor protein 10, mitochondrial / AKAP-10 / Dual specificity A kinase-anchoring protein 2 / D-AKAP-2 / Protein kinase A-anchoring ...AKAP-10 / Dual specificity A kinase-anchoring protein 2 / D-AKAP-2 / Protein kinase A-anchoring protein 10 / PRKA10


分子量: 5086.658 Da / 分子数: 3 / 断片: A-kinase binding domain (AKB), UNP RESIDUES 623-662 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKAP10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43572
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A NATURAL VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→100 Å / Num. all: 8304 / Num. obs: 8304 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 117 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.71 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 805 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→50.038 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3284 572 7.46 %Random
Rwork0.2683 ---
obs0.2727 7666 99.86 %-
all-8238 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 115.468 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7506 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.7506 Å20 Å2
3----1.5013 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→50.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3545 0 0 8 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8354889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.351319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01644
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A561X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E561X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
13I516X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
21B282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.116
23F292X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
24G262X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.1
31D179X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32H179X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.078
33L211X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.18260.37351550.27131724X-RAY DIFFRACTION100
4.1826-4.78740.28781390.21211747X-RAY DIFFRACTION100
4.7874-6.030.32141240.25241794X-RAY DIFFRACTION100
6.03-50.04220.33591540.29991829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2571-0.3561-0.55450.289-0.27011.10880.17530.6299-0.81010.0918-0.10380.55821.0918-0.56271.3696-0.0628-0.7826-0.4631-0.7371-0.65940.1464-21.300758.3582-32.6037
20.116-0.0465-0.45210.04120.25772.0982-0.21820.158-1.0553-0.3408-0.80880.69180.71321.0567-5.23941.60660.4064-0.94711.02820.20662.5739-15.185635.91457.8166
30.0861-0.0497-0.04480.06060.17030.4087-0.2165-0.42060.14890.16130.1182-0.2298-0.03690.2124-1.27480.55631.3063-0.39071.1207-0.28790.4045-11.751339.1535-0.8863
42.09770.41870.07840.81120.00590.28860.3841-0.6606-0.3101-0.030.3534-0.36220.00380.05441.80840.9078-0.3577-0.28820.6588-0.05280.9991-16.124252.2999-4.7777
51.0153-0.3990.06791.07950.56822.5785-0.6971-0.7475-0.17830.8230.1163-0.07650.3088-0.5951-1.52320.91990.2115-0.06770.58920.13050.2606-15.938771.6799-6.3898
62.19981.22930.41661.3259-0.02510.1765-0.16620.28570.31820.5012-1.3261.29670.2327-0.7618-1.66791.45510.1435-0.0061.2258-0.29490.856-51.176297.22733.6547
70.45190.33620.670.99951.09971.46540.3088-0.23720.30690.2579-0.2120.11610.4276-0.32990.64180.3477-0.2126-0.11930.4845-0.76491.1763-40.303495.80083.4155
80.4071-0.1467-0.59130.3908-0.18721.4733-0.287-0.2418-0.41740.0077-0.11980.19830.09020.3061-0.38650.71890.0798-0.19410.330.01580.6482-34.770488.5647-8.36
93.0420.56420.97621.68460.14880.7822-0.1384-0.98060.06220.55930.1427-0.5853-0.1584-0.02080.18170.07530.1652-0.30230.6224-0.37080.7002-57.040871.8223-2.359
101.8664-0.69471.1681.4614-0.51510.7855-0.0456-1.1702-0.88950.37460.12130.18470.2396-0.216-0.03871.15890.0937-0.31420.75040.14350.5749-34.098163.773911.3385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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