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- PDB-3tk2: Crystallographic structure of phenylalanine hydroxylase from Chro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tk2
タイトルCrystallographic structure of phenylalanine hydroxylase from Chromobacterium violaceum cocrystallized with phenylalanine in a site distal to the active site
要素Phenylalanine-4-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-Substate complex / Mixed alpha / beta / Hydroxylase / Phenylalanine / Tetrahydrobiopterin / Iron (II) / Molecular oxygen / Hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHENYLALANINE / Phenylalanine-4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Ronau, J.A. / Abu-Omar, M.M. / Das, C.
引用ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: An additional substrate binding site in a bacterial phenylalanine hydroxylase.
著者: Ronau, J.A. / Paul, L.N. / Fuchs, J.E. / Corn, I.R. / Wagner, K.T. / Liedl, K.R. / Abu-Omar, M.M. / Das, C.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine-4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3454
ポリマ－34,0611
非ポリマー2833
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.934, 38.561, 47.800
Angle α, β, γ (deg.)76.56, 72.90, 85.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine-4-hydroxylase / PAH / Phe-4-monooxygenase


分子量: 34061.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: phhA, CV_3180 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P30967, phenylalanine 4-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Na-HEPES, 0.001M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005M Nickel (II) chloride hexahydrate, 15% w/v PEG 3,350, 0.1M hexammine cobalt (II) chloride, 1.0M guanidine hydrochloride, pH 7.0, ...詳細: 0.1M Na-HEPES, 0.001M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005M Nickel (II) chloride hexahydrate, 15% w/v PEG 3,350, 0.1M hexammine cobalt (II) chloride, 1.0M guanidine hydrochloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月26日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 50401 / Num. obs: 47843 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTU

1ltu


解像度: 1.35→24.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.998 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20727 2557 5.1 %RANDOM
Rwork0.15853 ---
obs0.16098 47125 93.76 %-
all-51027 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→24.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 14 283 2517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1991.9663202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0475288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42523.604111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70615366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9641515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4221.51417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.40922297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4893925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0384.5903
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.62532342
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.9683285
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.86232271
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 175 -
Rwork0.213 3374 -
obs--89.76 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.7562 Å / Origin y: 0.0595 Å / Origin z: -0.3089 Å
111213212223313233
T0.0304 Å2-0.0093 Å2-0.0039 Å2-0.0175 Å2-0.0031 Å2--0.0391 Å2
L1.2587 °2-0.2482 °2-0.1463 °2-0.5163 °20.2154 °2--1.1877 °2
S-0.0342 Å °-0.0522 Å °0.0323 Å °0.0335 Å °0.0384 Å °0.0131 Å °0.056 Å °0.0879 Å °-0.0043 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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