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万見
- PDB-3thb: Structure of PLK1 kinase domain in complex with a benzolactam-der... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thb
タイトルStructure of PLK1 kinase domain in complex with a benzolactam-derived inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / regulation of protein binding / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / nuclear membrane disassembly / homologous chromosome segregation / polo kinase ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / regulation of protein binding / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / nuclear membrane disassembly / homologous chromosome segregation / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly / Phosphorylation of Emi1 / protein localization to nuclear envelope / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / outer kinetochore / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic spindle assembly / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / microtubule bundle formation / mitotic chromosome condensation / Polo-like kinase mediated events / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / centrosome cycle / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis / centriolar satellite / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / spindle midzone / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / protein localization to chromatin / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / centriole / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / Condensation of Prophase Chromosomes / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / RHO GTPases Activate Formins / protein destabilization / establishment of protein localization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / kinetochore / spindle pole / positive regulation of protein localization to nucleus / spindle / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule binding / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein ubiquitination / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / chromatin / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3TA / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sintchak, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of a Potent and Orally Bioavailable Benzolactam-Derived Inhibitor of Polo-Like Kinase 1 (MLN0905).
著者: Duffey, M.O. / Vos, T.J. / Adams, R. / Alley, J. / Anthony, J. / Barrett, C. / Bharathan, I. / Bowman, D. / Bump, N.J. / Chau, R. / Cullis, C. / Driscoll, D.L. / Elder, A. / Forsyth, N. / ...著者: Duffey, M.O. / Vos, T.J. / Adams, R. / Alley, J. / Anthony, J. / Barrett, C. / Bharathan, I. / Bowman, D. / Bump, N.J. / Chau, R. / Cullis, C. / Driscoll, D.L. / Elder, A. / Forsyth, N. / Frazer, J. / Guo, J. / Guo, L. / Hyer, M.L. / Janowick, D. / Kulkarni, B. / Lai, S.J. / Lasky, K. / Li, G. / Li, J. / Liao, D. / Little, J. / Peng, B. / Qian, M.G. / Reynolds, D.J. / Rezaei, M. / Scott, M.P. / Sells, T.B. / Shinde, V. / Shi, Q.J. / Sintchak, M.D. / Soucy, F. / Sprott, K.T. / Stroud, S.G. / Nestor, M. / Visiers, I. / Weatherhead, G. / Ye, Y. / D'Amore, N.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9993
ポリマ－37,4811
非ポリマー5182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9986
ポリマ－74,9612
非ポリマー1,0374
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area1230 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.668, 67.668, 154.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 37480.621 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3TA / 9-chloro-2-({5-[3-(dimethylamino)propyl]-2-methylpyridin-3-yl}amino)-5,7-dihydro-6H-pyrimido[5,4-d][1]benzazepine-6-thi one / MLN0905


分子量: 453.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25ClN6S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97989 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13436 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.594.90.396150.3
2.59-2.6950.376164.3
2.69-2.825.20.343190.2
2.82-2.966.70.399199.8
2.96-3.157.20.2571100
3.15-3.397.20.1821100
3.39-3.737.10.111199.9
3.73-4.2770.0711100
4.27-5.3870.059199.9
5.38-506.50.047198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OWB

2owb


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 34 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.599 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28591 1317 9.9 %RANDOM
Rwork0.24999 ---
obs0.25347 11950 89.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.57 Å22.79 Å20 Å2
2--5.57 Å20 Å2
3----8.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 32 0 2274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9883160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1245286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00622.95998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07515384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6221516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4631.51433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7322307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0513896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2824.5853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 54 -
Rwork0.378 442 -
obs--47.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7517-1.42630.12859.82332.5745.7236-0.6348-0.1061-0.1357-0.45390.0837-0.5003-0.1569-2.9690.55110.19530.2963-0.07871.6203-0.34170.075-52.269118.956414.9651
20.7754-0.027-0.45080.75651.55856.8976-0.0551-0.138-0.0793-0.2294-0.12910.0035-0.5058-0.80470.18410.62350.1342-0.04380.5951-0.02290.3542-40.118715.229214.1512
30.3525-0.0176-0.53290.54780.23813.8411-0.0479-0.1216-0.1642-0.0240.020.0735-0.44350.38940.02790.6507-0.078700.53390.0070.4654-27.298511.641611.0584
41.28960.4908-0.08041.6054-0.29525.6217-0.13370.0139-0.1254-0.4729-0.0377-0.31940.23790.65730.17140.5024-0.02280.08120.49350.01440.4149-23.90524.73290.4834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4A252 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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