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万見
- PDB-3tf7: 42F3 QL9/H2-Ld complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tf7
タイトル42F3 QL9/H2-Ld complex
要素
  • 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
  • H2-Ld SBM2
  • QL9 peptide (QLSPFPFDL)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig and MHC / Antigen Recognition / TCR-pMHC / Membrane Receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / Glycine degradation / : / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / succinyl-CoA metabolic process / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / oxoglutarate dehydrogenase complex ...OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / Glycine degradation / : / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / succinyl-CoA metabolic process / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / oxoglutarate dehydrogenase complex / striatum development / 2-oxoglutarate metabolic process / pyramidal neuron development / thalamus development / Mitochondrial protein degradation / : / thiamine pyrophosphate binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / tricarboxylic acid cycle / heat shock protein binding / glycolytic process / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / generation of precursor metabolites and energy / hippocampus development / defense response / mitochondrial membrane / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / protein-folding chaperone binding / immune response / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Adams, J.J. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: T cell receptor signaling is limited by docking geometry to peptide-major histocompatibility complex.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Liu, B. / Birnbaum, M.E. / Kruse, A.C. / Bowerman, N.A. / Chen, W. / Levin, A.M. / Connolly, J.M. / Zhu, C. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: H2-Ld SBM2
F: QL9 peptide (QLSPFPFDL)
C: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
A: H2-Ld SBM2
B: QL9 peptide (QLSPFPFDL)
G: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
I: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
K: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,43210
ポリマ－154,2488
非ポリマー1842
水00
1
C: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
A: H2-Ld SBM2
B: QL9 peptide (QLSPFPFDL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7224
ポリマ－49,6303
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9860 Å2
2
E: H2-Ld SBM2
F: QL9 peptide (QLSPFPFDL)
G: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7224
ポリマ－49,6303
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21420 Å2
3
I: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4941
ポリマ－27,4941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
K: 42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4941
ポリマ－27,4941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.487, 109.793, 213.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 H2-Ld SBM2


分子量: 21072.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド QL9 peptide (QLSPFPFDL)


分子量: 1063.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Anaspec / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q60597*PLUS
#3: タンパク質
42F3 Mut7 scFv (42F3 alpha chain, linker, 42F3 beta chain)


分子量: 27494.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY
配列の詳細THE 42F3 PROTEIN (CHAIN C,G I AND K) IS A SINGLE CHAIN FV FRAGMENT OF THE THE 42F3 ALPHA BETA TCR. ...THE 42F3 PROTEIN (CHAIN C,G I AND K) IS A SINGLE CHAIN FV FRAGMENT OF THE THE 42F3 ALPHA BETA TCR. THE FV FRAGMENT IS DERIVED FROM TWO PROTEIN CHAINS (ALPHA AND BETA) AND FUSED TOGETHER WITH AN UNNATURAL LINKER SEQUENCE (GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS). RESIDUES 1-113 CORRESPOND TO THE ALPHA CHAIN, RESIDUES 134-147 CORRESPOND TO THE BETA CHAIN) AND RESIDUES 248-253 CORRESPOND TO THE C-TERMINAL EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.25
詳細: 7% (w/v) PEG 17500, 100mM Bicine pH 8.25. 30% Glycerol cryo addiditive, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 61762 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OI9

2oi9


解像度: 2.75→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 27.259 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3124 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.238 58631 97 %-
all-61755 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10126 0 12 0 10138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02110441
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9691.93914154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6751264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88823.212520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.818151628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.961574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.56316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.522210109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49434125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8654.54045
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 229 -
Rwork0.365 3801 -
obs--87.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76380.5624-1.48435.5961-0.88115.0094-0.34640.0141-0.58070.1156-0.4282-0.65640.59710.49930.7747-0.27630.09210-0.07790.06260.045514.466-2.195-21.424
21.99590.2277-2.95181.15112.259310.3557-0.08340.1474-0.1045-0.2108-0.1088-0.61710.88330.18310.1922-0.1430.008-0.06440.1414-0.01540.12967.1870.194-19.85
33.2986-0.30490.12715.10410.62124.6342-0.23390.3964-0.0442-0.6824-0.0656-0.0197-0.4720.18880.2996-0.0061-0.1646-0.0382-0.0222-0.063-0.2743-30.32-16.195-47.342
41.04870.0334-0.03368.20951.88811.4558-0.13-0.15970.00330.2311-0.02080.38850.0877-0.06010.1509-0.1489-0.03510.01960.0044-0.0562-0.1124-34.448-12.032-24.27
56.19050.5371-0.19915.0525-1.3963.5647-0.16130.1989-0.6562-0.4545-0.2399-0.79480.52260.65060.4013-0.11580.07680.1739-0.15480.00290.1245-22.242-43.498-31.766
60.0167-0.0705-0.45410.29681.91212.31690.5574-0.5583-0.41040.054-0.2897-0.0757-0.06190.6364-0.26760.03510.01660.0824-0.03530.00650.1826-24.917-36.172-33.092
75.2476-0.33080.08372.27760.63465.10130.2846-0.4704-0.19870.3691-0.21360.17160.3671-0.6274-0.071-0.0595-0.1758-0.05310.0219-0.0806-0.1926-12.0615.258-4.705
87.4780.61681.88583.27-0.44062.43990.02720.26530.4217-0.324-0.01460.0814-0.0288-0.0621-0.0126-0.0854-0.0224-0.0685-0.0419-0.033-0.2137-15.8758.26-27.337
94.30060.68490.83727.9475-0.66823.9113-0.0234-0.2920.01160.707-0.0067-0.4539-0.0671-0.1470.03020.0958-0.0095-0.1432-0.135-0.0515-0.287110.6097.77917.088
101.17922.30220.66710.72184.51832.0383-0.06670.0060.5413-0.4103-0.33991.1486-0.0729-0.12690.40660.0928-0.0046-0.1024-0.075-0.08270.06234.44630.50310.477
115.2451-1.0789-0.81169.97943.8326.30040.080.4394-0.5901-0.5765-0.86981.3287-0.3758-0.40780.7898-0.1139-0.0055-0.12770.246-0.30610.0994-32.452-38.264-70.361
129.6721.20066.50115.64280.90995.8579-0.08280.1392-0.4448-0.2328-0.27311.56420.2736-0.80260.35590.174-0.04620.01910.6437-0.52160.7668-53.317-30.676-63.298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E2 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2F1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4C135 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8G136 - 247
9X-RAY DIFFRACTION9I2 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10I135 - 251
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12K136 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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