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- PDB-3tcx: Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tcx
タイトルStructure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity aL Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation
要素
  • Integrin alpha-L
  • Intercellular adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / Rossmann Fold / Immunoglobulin-Like Fold / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / memory T cell extravasation / T cell antigen processing and presentation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / memory T cell extravasation / T cell antigen processing and presentation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Interleukin-10 signaling / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to glucose stimulus / cell-cell adhesion / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to amyloid-beta / Interferon gamma signaling / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / : / virus receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Immunoglobulin domain / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intercellular adhesion molecule 1 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kang, S. / Kim, C.U. / Gu, X. / Owens, R.M. / van Rijn, S.J. / Boonyaleepun, V. / Mao, Y. / Springer, T.A. / Jin, M.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity L Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation
著者: Kang, S. / Kim, C.U. / Gu, X. / Owens, R.M. / van Rijn, S.J. / Boonyaleepun, V. / Mao, Y. / Springer, T.A. / Jin, M.M.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Other
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Intercellular adhesion molecule 1
B: Integrin alpha-L
C: Intercellular adhesion molecule 1
D: Integrin alpha-L
E: Intercellular adhesion molecule 1
F: Integrin alpha-L
G: Intercellular adhesion molecule 1
H: Integrin alpha-L
I: Intercellular adhesion molecule 1
J: Integrin alpha-L
K: Intercellular adhesion molecule 1
L: Integrin alpha-L
M: Intercellular adhesion molecule 1
N: Integrin alpha-L
O: Intercellular adhesion molecule 1
P: Integrin alpha-L
Q: Intercellular adhesion molecule 1
R: Integrin alpha-L
S: Intercellular adhesion molecule 1
T: Integrin alpha-L
U: Intercellular adhesion molecule 1
V: Integrin alpha-L
W: Intercellular adhesion molecule 1
X: Integrin alpha-L
Y: Intercellular adhesion molecule 1
Z: Integrin alpha-L
a: Intercellular adhesion molecule 1
b: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)418,06242
ポリマ－417,72128
非ポリマー34014
水00
1
A: Intercellular adhesion molecule 1
B: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
2
C: Intercellular adhesion molecule 1
D: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
3
E: Intercellular adhesion molecule 1
F: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
4
G: Intercellular adhesion molecule 1
H: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
5
I: Intercellular adhesion molecule 1
J: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
6
K: Intercellular adhesion molecule 1
L: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
7
M: Intercellular adhesion molecule 1
N: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
8
O: Intercellular adhesion molecule 1
P: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
9
Q: Intercellular adhesion molecule 1
R: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
10
S: Intercellular adhesion molecule 1
T: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
11
U: Intercellular adhesion molecule 1
V: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
12
W: Intercellular adhesion molecule 1
X: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
13
Y: Intercellular adhesion molecule 1
Z: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
14
a: Intercellular adhesion molecule 1
b: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8623
ポリマ－29,8372
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.041, 166.334, 299.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
71M
81O
91Q
101S
111U
121W
131Y
141a
12B
22D
32F
42H
52J
62L
72N
82P
92R
102T
112V
122X
132Z
142b

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 851 - 85
21THRTHRCC1 - 851 - 85
31THRTHREE1 - 851 - 85
41THRTHRGG1 - 851 - 85
51THRTHRII1 - 851 - 85
61THRTHRKK1 - 851 - 85
71THRTHRMM1 - 851 - 85
81THRTHROO1 - 851 - 85
91THRTHRQQ1 - 851 - 85
101THRTHRSS1 - 851 - 85
111THRTHRUU1 - 851 - 85
121THRTHRWW1 - 851 - 85
131THRTHRYY1 - 851 - 85
141THRTHRaAA1 - 851 - 85
12MGMGBB - CA128 - 9011
22MGMGDD - DA128 - 9011
32MGMGFF - EA128 - 9011
42MGMGHH - FA128 - 9011
52MGMGJJ - GA128 - 9011
62MGMGLL - HA128 - 9011
72MGMGNN - IA128 - 9011
82MGMGPP - JA128 - 9011
92MGMGRR - KA128 - 9011
102MGMGTT - LA128 - 9011
112MGMGVV - MA128 - 9011
122MGMGXX - NA128 - 9011
132MGMGZZ - OA128 - 9011
142MGMGbBA - PA128 - 9011

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Intercellular adhesion molecule 1 / ICAM-1 / CD54 / HUMAN RHINOVIRUS RECEPTOR


分子量: 9214.620 Da / 分子数: 14 / 断片: DOMAIN 1, unp residues 29-112 / 変異: T2V, I10T, T23A, P38V, P63V, S67A, T78A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05362
#2: タンパク質
Integrin alpha-L / CD11A / LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN 1 ALPHA CHAIN / LFA-1 ALPHA CHAIN / LEUKOCYTE ...CD11A / LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN 1 ALPHA CHAIN / LFA-1 ALPHA CHAIN / LEUKOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED MOLECULE 1 ALPHA CHAIN / ITGAL


分子量: 20622.619 Da / 分子数: 14 / 断片: I DOMAIN, unp residues 154-332 / 変異: F265S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAL, CD11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20701
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY
配列の詳細THIS IS A NATURAL VARIANT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.0, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 58846

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 70.436 / SU ML: 0.484 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.628 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23356 2984 5.1 %RANDOM
Rwork0.21762 ---
obs0.21845 55823 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 165.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29316 0 14 0 29330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02229904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.97340418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95753682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.14325.5061246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.497155544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8781570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.24662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02121812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3161.518508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.643230058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.922311396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6594.510360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A641TIGHT POSITIONAL0.060.05
12C641TIGHT POSITIONAL0.060.05
13E641TIGHT POSITIONAL0.050.05
14G641TIGHT POSITIONAL0.060.05
15I641TIGHT POSITIONAL0.050.05
16K641TIGHT POSITIONAL0.060.05
17M641TIGHT POSITIONAL0.050.05
18O641TIGHT POSITIONAL0.050.05
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110S641TIGHT POSITIONAL0.050.05
111A641TIGHT POSITIONAL0.050.05
112C641TIGHT POSITIONAL0.050.05
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114G641TIGHT POSITIONAL0.040.05
11A641TIGHT THERMAL0.090.5
12C641TIGHT THERMAL0.090.5
13E641TIGHT THERMAL0.070.5
14G641TIGHT THERMAL0.080.5
15I641TIGHT THERMAL0.070.5
16K641TIGHT THERMAL0.080.5
17M641TIGHT THERMAL0.060.5
18O641TIGHT THERMAL0.070.5
19Q641TIGHT THERMAL0.070.5
110S641TIGHT THERMAL0.070.5
111A641TIGHT THERMAL0.080.5
112C641TIGHT THERMAL0.070.5
113E641TIGHT THERMAL0.060.5
114G641TIGHT THERMAL0.060.5
21B1454TIGHT POSITIONAL0.050.05
22D1454TIGHT POSITIONAL0.040.05
23F1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
24H1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
25J1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
26L1454TIGHT POSITIONAL0.050.05
27N1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
28P1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
29R1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
210T1454TIGHT POSITIONAL0.030.05
211B1454TIGHT POSITIONAL0.040.05
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LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.689 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
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Rwork0.225 3465 -
obs--81.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2B128 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4D128 - 307
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6F128 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8H128 - 307
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 85
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19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 85
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23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 85
24X-RAY DIFFRACTION24X128 - 307
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27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 85
28X-RAY DIFFRACTION28b128 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る