PDB-3tcv: Crystal structure of a GCN5-related N-acetyltransferase from Bruc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tcv

タイトル

Crystal structure of a GCN5-related N-acetyltransferase from Brucella melitensis

要素

GCN5-related N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / gram negative coccobacillus / brucellosis / acyl Co-A / arylamine / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a GCN5-related N-acetyltransferase from Brucella melitensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Labiuk, S.L.

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tcv.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tcv.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tcv_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tcv_full_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示
XML形式データ	3tcv_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	3tcv_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pzjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p60-d 3lkd-1 2no1-d 3kfx-d 6tl1-d 2zi9-d 2no9-d 2zi3-d 4ww7-d 3lkd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.17403.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: GCN5-related N-acetyltransferase

B: GCN5-related N-acetyltransferase

56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.490, 66.860, 91.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.510, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-390- HOH
2	1	A-392- HOH

#1: タンパク質	GCN5-related N-acetyltransferase 分子量: 28437.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0090 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YIN4, arylamine N-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: BrabA.17403.a.A1 OS01078 at 28.7 mg/mL against JCSG+ condition A3 0.2 M ammonium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 223197a3, pH 7.5, VAPOR ...詳細: BrabA.17403.a.A1 OS01078 at 28.7 mg/mL against JCSG+ condition A3 0.2 M ammonium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 223197a3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BrabA.17403.a.A1 OS01078 at 28.7 mg/mL against JCSG+ condition A3 0.2 M ammonium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 223197a3, pH 7.5, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.03322 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 59730 / Num. obs: 58008 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.153 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		3.3	0.453	2.65	11995	4397	3617	82.3
1.8-1.84			0.399	3.23	15001		4126	96.6
1.84-1.9			0.34	3.86	15215		4056	97.5
1.9-1.96			0.268	4.94	14891		3970	97.6
1.96-2.02			0.206	6.3	14371		3832	97.8
2.02-2.09			0.166	7.73	13910		3722	98
2.09-2.17			0.138	9.07	13462		3587	98.2
2.17-2.26			0.13	10.02	12941		3490	98.4
2.26-2.36			0.109	11.63	12468		3336	98.3
2.36-2.47			0.09	13.87	11879		3197	98.9
2.47-2.61			0.078	15.54	11285		3045	98.8
2.61-2.77			0.065	17.9	10715		2899	98.9
2.77-2.96			0.054	21.36	10045		2723	99.2
2.96-3.2			0.047	24.52	9290		2545	99.3
3.2-3.5			0.038	28.23	8396		2335	99.4
3.5-3.91			0.034	31.88	7723		2135	99.3
3.91-4.52			0.03	33.99	6782		1886	99.5
4.52-5.53			0.028	35.07	5822		1603	99.7
5.53-7.83			0.028	32.31	4581		1254	99.5
	7.83		0.022	37.61	2250		650	91.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	41.44 Å
Translation	3 Å	41.44 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3pzj

3pzj

解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.1785 / WR_factor R_work: 0.1537 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8997 / SU B: 3.477 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0972 / SU R_free: 0.0949 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1895	2918	5 %	RANDOM
R_work	0.1612	-	-	-
obs	0.1626	58008	97.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.54 Å² / B_iso mean: 20.4328 Å² / B_iso min: 9.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	-1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3587	0	0	625	4212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.928	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	6388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.771	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.854	22.772	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.039	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.257	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	909

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	173	-
R_work	0.238	3369	-
all	-	3542	-
obs	-	-	81.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0425	0.09	0.1193	1.1277	0.1774	0.3545	0.0369	-0.0184	-0.0289	0.1766	0.0275	0.021	0.0918	-0.0485	-0.0644	0.0799	-0.0063	0.0054	0.0708	-0.0039	0.1105	-32.3144	0.8335	1.2124
2	0.1397	-0.0063	0.115	0.8476	0.2294	0.1624	-0.0087	0.0024	0.0129	-0.013	-0.0125	0.0507	0.0026	-0.0069	0.0212	0.0803	-0.0039	0.0032	0.0811	-0.0031	0.1017	-32.5624	11.9397	-5.2588
3	0.6612	-0.0725	0.5177	0.0722	-0.039	0.4265	-0.0182	0.0348	-0.0056	-0.079	0.0025	-0.0143	-0.046	0.0528	0.0157	0.1165	-0.0047	-0.0022	0.0767	0.0057	0.0822	-29.012	6.2313	-18.0753
4	2.6871	1.0853	0.8021	1.3018	0.0018	2.6057	-0.0464	-0.0242	0.1022	-0.02	-0.0251	-0.1296	-0.0858	0.0657	0.0715	0.054	-0.017	0.0083	0.0743	0.0041	0.1218	-10.2692	7.9918	-6.9532
5	3.0552	3.8764	1.8417	6.8984	2.1233	1.137	-0.2784	-0.3168	0.4491	-0.0555	0.0435	0.6425	-0.2072	-0.2483	0.2349	0.1055	0.1211	0.0418	0.1563	0.0203	0.1999	-56.7521	10.7417	-24.7021
6	0.3038	0.2708	0.0065	0.9363	-0.1481	0.196	-0.0502	0.065	0.0273	0.0496	0.1101	0.094	0.0245	-0.0647	-0.0599	0.0773	-0.0279	-0.0018	0.1014	0.0218	0.0785	-53.2747	-7.7157	-30.0859
7	0.3237	-0.3189	0.5726	0.4495	-0.6419	1.0701	0.055	0.0333	-0.0117	-0.0659	-0.0046	0.0237	0.1075	0.0159	-0.0504	0.1157	0.001	-0.0335	0.1008	0.0144	0.0744	-39.4567	-0.3242	-28.707
8	3.4032	2.1795	-2.5919	1.605	-1.5288	2.0597	-0.2971	0.3994	0.0761	-0.3828	0.3695	-0.0072	0.115	-0.2555	-0.0725	0.2426	-0.1337	-0.0062	0.189	0.0088	0.0619	-50.1611	-1.3287	-50.3178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	19 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	164 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	197 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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