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- PDB-3tc3: Crystal Structure of SacUVDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tc3
タイトルCrystal Structure of SacUVDE
要素UV damage endonuclease
キーワードHYDROLASE / TIM-barrel / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / response to UV / nucleotide-excision repair / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UV-endonuclease UvdE / UV-endonuclease UvdE / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / UV damage endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Meulenbroek, E.M. / Jala, I. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N. / Pannu, N.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2013
タイトル: UV damage endonuclease employs a novel dual-dinucleotide flipping mechanism to recognize different DNA lesions.
著者: Meulenbroek, E.M. / Peron Cane, C. / Jala, I. / Iwai, S. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N. / Pannu, N.S.
履歴
登録2011年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32013年2月6日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UV damage endonuclease
B: UV damage endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5074
ポリマ-71,3982
非ポリマー1102
10,395577
1
A: UV damage endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7542
ポリマ-35,6991
非ポリマー551
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UV damage endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7542
ポリマ-35,6991
非ポリマー551
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.075, 53.585, 77.395
Angle α, β, γ (deg.)102.10, 93.02, 111.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 UV damage endonuclease


分子量: 35698.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: uvdE, Saci_1096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9T1, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20 % PEG3350, 0.25 M NH4Cl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.05 Å / Num. all: 94666 / Num. obs: 94666 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 13351 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2j6v
解像度: 1.5→46.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21395 4732 5 %RANDOM
Rwork0.17728 ---
obs0.1791 89933 97.27 %-
all-89933 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20.05 Å20.66 Å2
2--0.17 Å20.27 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4666 0 2 577 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2111.9616478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9875591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1424.578225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27115940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213526
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 338 -
Rwork0.331 6333 -
obs-6333 93.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14280.5765-0.15590.87470.12570.21630.0597-0.05490.01560.0646-0.06010.03750.00330.02020.00040.02490.0038-0.01330.03760.00130.02236.11435.96636.959
20.6551-0.1393-0.33290.76830.26410.59220.03120.03420.014-0.0564-0.0146-0.0294-0.0483-0.0248-0.01660.03040.0104-0.0070.04840.01430.011118.3830.08474.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 288
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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