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- PDB-3tc1: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Helic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tc1
タイトルCrystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Helicobacter pylori
要素Octaprenyl Pyrophosphate Synthase
キーワードTRANSFERASE / all alpha-helices fold
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Octaprenyl-diphosphate synthase (IspB)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, J.Y. / Zhang, X.L. / Li, D.F. / Zou, Q.M. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Helicobacter pylori
著者: Zhang, J.Y. / Zhang, X.L. / Li, D.F. / Zou, Q.M. / Wang, D.C.
履歴
登録2011年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Advisory / Data collection
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Octaprenyl Pyrophosphate Synthase
B: Octaprenyl Pyrophosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3084
ポリマ－72,2602
非ポリマー492
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.330, 109.330, 103.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Octaprenyl Pyrophosphate Synthase


分子量: 36129.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: NCTC11637 / 遺伝子: HP0240 / プラスミド: pET 22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25023*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 15% PEG 3350, 100mM sodium acetate, 200mM MgCl2, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.97901
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A20.97888, 0.97926, 0.96403
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS1IMAGE PLATE2008年12月18日
RIGAKU RAXIS2IMAGE PLATE2009年5月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
20.978881
30.979261
40.964031
Reflection冗長度: 14.2 % / Av σ(I) over netI: 5.2 / 数: 227777 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139 / D res high: 2.8 Å / D res low: 44.283 Å / Num. obs: 16095 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.8544.2899.210.0420.04211.6
6.268.8510010.0720.07213.2
5.116.2610010.1150.11513.7
4.435.1110010.0850.08514
3.964.4310010.090.0914.2
3.613.9610010.1170.11714.3
3.353.6110010.1590.15914.4
3.133.3510010.2160.21614.5
2.953.1310010.290.2914.5
2.82.9510010.3950.39514.6
反射解像度: 2→54.665 Å / Num. all: 42895 / Num. obs: 42895 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.1115.70.3780.36629617961080.0930.3780.3666.899.3
2.11-2.24240.2820.2762.613963458270.0570.2820.27612.9100
2.24-2.3929.30.2180.2143.316179655230.040.2180.21420.1100
2.39-2.5829.30.1650.1624.415022751270.030.1650.16225100
2.58-2.8329.20.1170.115613831747290.0220.1170.11533.6100
2.83-3.1629.10.0960.0946.612640843390.0180.0960.09444100
3.16-3.65290.0770.0767.611122638400.0140.0770.07654.1100
3.65-4.4728.60.0620.0619.49355632670.0110.0620.06160.6100
4.47-6.32280.0580.0579.27273326010.0110.0580.05759.2100
6.32-54.66525.20.0490.0488.93858715340.010.0490.04857.599.8

-
位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 42833
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.32-100450.736503
7.07-9.3234.40.776601
5.92-7.0739.80.735728
5.2-5.92370.778815
4.69-5.227.20.839930
4.3-4.6923.70.871007
4-4.3250.8571085
3.75-423.80.8551152
3.54-3.7525.60.8381213
3.37-3.5427.10.8131280
3.22-3.3728.60.7841331
3.08-3.2230.50.7611406
2.97-3.0830.30.731440
2.86-2.9735.30.6731500
2.77-2.8651.40.511564
2.68-2.7790.50.2941594
2.6-2.6891.70.2211642
2.53-2.688.80.2291695
2.46-2.5391.80.1881740
2.4-2.46910.1661798
2.35-2.489.30.1881807
2.29-2.3591.90.2621880
2.24-2.2990.20.221887
2.2-2.2490.20.2041965
2.15-2.291.30.1591967
2.11-2.15880.1642024
2.07-2.1189.60.2182057
2.04-2.0791.30.1062077
2-2.04900.0812145

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
直接法6位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→54.636 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 4314 10.1 %random
Rwork0.2006 ---
obs0.223 37172 99.9 %-
all-42832 --
溶媒の処理Bsol: 58.9148 Å2
原子変位パラメータBiso max: 98.34 Å2 / Biso mean: 28.2343 Å2 / Biso min: 8.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.081 Å20 Å20 Å2
2--0.081 Å20 Å2
3----0.163 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.04 Å0.027 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→54.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4757 0 2 537 5296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.271
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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