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- PDB-3t8r: Crystal structure of Staphylococcus aureus CymR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t8r
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus CymR
要素Staphylococcus aureus CymR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Transcriptional regulator protein / Dimer / sulfenic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rrf2 family transcriptional regulator / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者He, C. / Ji, Q.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Staphylococcus aureus CymR Is a New Thiol-based Oxidation-sensing Regulator of Stress Resistance and Oxidative Response.
著者: Ji, Q. / Zhang, L. / Sun, F. / Deng, X. / Liang, H. / Bae, T. / He, C.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphylococcus aureus CymR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Staphylococcus aureus CymR

A: Staphylococcus aureus CymR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8642
ポリマ－31,8642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.104, 52.504, 33.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Staphylococcus aureus CymR


分子量: 15932.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV1626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99TM3, UniProt: A0A0H3JRR0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.063 Å / Num. obs: 14637
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.063 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 2535 9.94 %RANDOM
Rwork0.2172 ---
all0.2391 ---
obs0.221 14637 89.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.004 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.955 Å2-0 Å28.1065 Å2
2--1.9017 Å20 Å2
3----3.8567 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数945 0 0 65 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0391286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.548372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.76020.30341440.26811447X-RAY DIFFRACTION56
1.7602-1.83060.29412030.26351846X-RAY DIFFRACTION72
1.8306-1.91380.3062460.25962199X-RAY DIFFRACTION86
1.9138-2.01460.23762720.23872400X-RAY DIFFRACTION93
2.0146-2.14070.28342700.22112479X-RAY DIFFRACTION96
2.1407-2.30570.26522760.22012501X-RAY DIFFRACTION98
2.3057-2.53730.25552800.21282523X-RAY DIFFRACTION99
2.5373-2.90330.24062840.22012558X-RAY DIFFRACTION99
2.9033-3.65370.26522870.21222541X-RAY DIFFRACTION98
3.6537-19.06430.23092730.20112484X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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