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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t83 | |||||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II in complex with Acetylated Carbohydrate Sulfamates | |||||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | |||||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / alpha carbonic anhydrase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hofmann, A. / Wang, C.K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011 タイトル: Promiscuity of carbonic anhydrase II. Unexpected ester hydrolysis of carbohydrate-based sulfamate inhibitors. 著者: Lopez, M. / Vu, H. / Wang, C.K. / Wolf, M.G. / Groenhof, G. / Innocenti, A. / Supuran, C.T. / Poulsen, S.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t83.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t83.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3t83_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3t83_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3t83_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3t83_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 糖 | ChemComp-SG5 / |
#4: 糖 | ChemComp-MG5 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | SG5 AND MG5 ARE IN ALTERNATE CONFORMATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % 解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.9M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.94723 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 44195 / % possible obs: 99.9 % |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→24.696 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.161 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.696 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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