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- PDB-3t80: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t80
タイトルCrystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Salmonella typhimurium bound to cytidine
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / IspF / Isoprenoid biosynthesis / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Alpha Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / PYROPHOSPHATE 2- / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Staker, B.L. / Edwards, T.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Salmonella typhimurium bound to cytidine
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Staker, B.L. / Edwards, T.E.
履歴
登録2011年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
E: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
F: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,43642
ポリマ－103,1696
非ポリマー3,26736
水2,090116
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,34223
ポリマ－51,5843
非ポリマー1,75820
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10270 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
2
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
E: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
F: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,09419
ポリマ－51,5843
非ポリマー1,50916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.013, 147.657, 56.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECDP-synthase / MECPS


分子量: 17194.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ispF, STM2929 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC
参照: UniProt: Q8ZMF7, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 152分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン


分子量: 243.217 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O5
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: SATYA.00122.A.AN1 15 mg/mL, 222391E7 (10% PEG8000, 100 mM imidazole, pH 8.0, 200 mM calcium acetate, 2 mM zinc acetate, 2 mM magnesium chloride), cryosolvent (25% ethylene glycol, 2 mM zinc ...詳細: SATYA.00122.A.AN1 15 mg/mL, 222391E7 (10% PEG8000, 100 mM imidazole, pH 8.0, 200 mM calcium acetate, 2 mM zinc acetate, 2 mM magnesium chloride), cryosolvent (25% ethylene glycol, 2 mM zinc acetate, 2 mM magnsium chloride), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射モノクロメーター: ACCEL DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 54267 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.876
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GHZ

3ghz


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 15.494 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2751 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 54128 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å23.57 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6693 0 190 116 6999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9939422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.976311328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.475906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67423.397262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.136151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9931546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 202 -
Rwork0.277 3719 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98590.3585-0.28582.74040.19942.25960.0788-0.0841-0.12520.1501-0.0472-0.27450.1274-0.0225-0.03160.037-0.0076-0.05840.10310.02970.1172-23.910717.223111.7757
20.9951-0.81610.47611.76820.51252.37560.06240.0026-0.0201-0.00630.00090.10540.0066-0.3945-0.06330.04980.0463-0.02370.15160.02840.103-37.664933.84640.4017
32.3190.0962-0.32841.54690.92221.32320.1357-0.01110.1782-0.1563-0.0277-0.2455-0.1819-0.0085-0.1080.05120.01090.01080.0290.03340.141-14.347535.0211-0.3713
41.99590.46020.48052.26770.32271.36090.04060.1606-0.07720.0366-0.04980.0190.04580.01530.00930.1181-0.1125-0.0090.177-0.02610.0195-48.9274-18.082413.0105
52.5711-0.8103-0.61211.89130.39612.63090.0549-0.3456-0.32660.6803-0.11510.240.4035-0.16680.06020.4366-0.24880.03540.24740.0280.0866-50.8759-20.597237.0004
61.9808-0.0223-0.04613.0969-0.40131.24310.0604-0.13310.1360.455-0.1672-0.0665-0.01950.05570.10680.1765-0.1142-0.0250.1443-0.01920.0464-38.4128-2.574626.4109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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