PDB-3t7b: Crystal Structure of N-acetyl-L-glutamate kinase from Yersinia pestis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t7b

タイトル

Crystal Structure of N-acetyl-L-glutamate kinase from Yersinia pestis

要素

Acetylglutamate kinase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / AMINO ACID KINASE / ACETYLGLUTAMATE KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / arginine binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Demas, M.W. / Solberg, R.G. / Cooper, D.R. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Zheng, H. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of N-acetyl-L-glutamate kinase from Yersinia pestis
著者: Demas, M.W. / Solberg, R.G. / Cooper, D.R. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Zheng, H. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural ...

履歴

登録	2011年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t7b.cif.gz	200.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t7b.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t7b_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t7b_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	3t7b_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	3t7b_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	232 2028 3dmy-d 2ziy-2 5u9m-d 1hv8-d 3msv-d 2nyx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00203

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.456, 134.688, 98.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acetylglutamate kinase / N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase / NAG kinase / AGK 分子量: 27481.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethionine supplemented media / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: argB, y0311, YPO3925, YP_3124 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8ZA87, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG3350 20%, NaTartrate 0.2M, 10mM ADP, 5mM Glutamic Acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97903 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 2.122 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	9.1	0.656	1442	0.912	1	100
2.54-2.59	9.2	0.581	1469	0.943	1	100
2.59-2.64	9.3	0.551	1436	0.951	1	100
2.64-2.69	9.3	0.48	1434	0.969	1	100
2.69-2.75	9.3	0.364	1467	1.003	1	100
2.75-2.82	9.4	0.318	1478	1.041	1	100
2.82-2.89	9.4	0.278	1443	1.075	1	100
2.89-2.96	9.4	0.221	1449	1.116	1	100
2.96-3.05	9.4	0.179	1462	1.181	1	100
3.05-3.15	9.4	0.145	1460	1.281	1	100
3.15-3.26	9.4	0.119	1461	1.345	1	100
3.26-3.39	9.4	0.104	1471	1.492	1	100
3.39-3.55	9.4	0.081	1481	1.671	1	100
3.55-3.73	9.4	0.071	1464	1.95	1	100
3.73-3.97	9.3	0.063	1472	2.177	1	100
3.97-4.27	9.3	0.055	1467	2.61	1	100
4.27-4.7	9.2	0.054	1495	3.249	1	99.9
4.7-5.38	9.3	0.059	1495	3.737	1	100
5.38-6.78	9.2	0.075	1514	5.296	1	100
6.78-50	8.3	0.069	1586	8.632	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.1978 / WR_factor R_work: 0.1673 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8502 / SU B: 13.741 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2586 / SU R_free: 0.2045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2134	1475	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1781	-	-	-
obs	0.1799	29001	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.48 Å² / B_iso mean: 62.2146 Å² / B_iso min: 36.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3749	0	30	102	3881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.991	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	6081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.881	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.392	25.267	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.679	15	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.758	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.652	1.5	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.123	1.5	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.221	2	4066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.232	3	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.441	4.5	1122

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	125	-
R_work	0.255	1985	-
all	-	2110	-
obs	-	-	99.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.2797	-6.7781	-7.6033	3.1331	2.6625	8.1128	0.0497	0.1864	0.1663	-0.1379	-0.1354	-0.1458	0.0861	-0.0365	0.0857	0.5127	-0.1344	0.1378	0.3469	0.0436	0.3816	44.1214	51.2876	-14.1577
2	4.1172	-1.0328	0.4767	5.6305	2.2604	5.881	-0.2124	0.1013	0.0202	-0.2263	-0.041	0.3029	-0.1625	-0.38	0.2534	0.1907	-0.1611	-0.0093	0.2077	-0.026	0.1436	35.7047	53.0832	-11.2254
3	5.6422	3.9255	-2.919	5.8666	-1.7123	1.5515	0.289	0.2397	0.5157	-0.1287	-0.1037	0.6827	-0.2129	-0.1411	-0.1853	0.3148	0.0203	-0.0384	0.2791	0.0074	0.3726	54.3131	63.445	4.5101
4	2.258	0.5084	-0.3182	2.1792	-0.462	2.6567	-0.1014	0.0968	-0.3163	-0.222	-0.0846	-0.3222	0.334	0.1697	0.186	0.0982	-0.0105	0.0562	0.059	-0.0043	0.1787	52.5137	48.6269	-2.3915
5	4.6032	-0.8719	-0.6096	8.2803	-4.9232	4.1961	-0.172	0.5954	0.2514	-0.3688	-0.1128	-0.1844	0.3024	-0.0684	0.2848	0.2185	-0.0882	0.0045	0.2749	-0.0566	0.1188	48.7944	57.6959	-20.1115
6	4.4807	3.3501	-1.6065	4.3697	-1.1937	1.195	-0.5505	0.87	-0.178	-0.2886	0.46	-0.3357	0.387	-0.2653	0.0905	0.2293	-0.0713	0.0951	0.3297	-0.0695	0.1498	56.6074	61.568	-25.532
7	4.0603	0.2979	-2.1382	2.2342	-2.0432	5.5654	0.1715	0.599	-0.0231	-0.4009	-0.108	0.1091	-0.278	-0.2228	-0.0635	0.3759	-0.1324	0.0063	0.3532	-0.0734	0.2659	41.9019	57.1338	-21.0732
8	10.0384	-5.0624	-0.7865	3.8153	-2.2674	5.7913	-0.4902	-0.953	0.3046	0.1042	0.2214	-0.3651	0.5769	0.6465	0.2688	0.6801	-0.0239	-0.0357	0.5523	0.1124	0.7419	50.0307	34.7444	16.8761
9	7.9813	-0.1448	0.1538	8.6189	-1.6499	3.4129	-0.0489	-0.3126	-0.9673	-0.1611	-0.1109	-0.8847	0.4698	0.2831	0.1597	0.2137	-0.0218	0.0906	0.1832	0.1389	0.3745	53.2132	30.7724	12.7666
10	12.4861	2.2491	0.1173	5.4873	3.5358	3.0188	0.3359	-1.6889	-0.4429	1.0403	-0.4294	0.2363	0.3174	-0.2361	0.0936	0.4812	-0.0903	0.0865	0.4516	0.1053	0.2896	44.2848	57.6001	20.994
11	2.7374	0.6077	-0.679	3.6654	-0.7989	2.9122	0.0224	-0.0949	-0.2456	-0.0102	-0.1206	0.0668	0.2057	-0.3012	0.0982	0.0931	-0.0858	0.022	0.1189	0.0314	0.1725	41.49	41.5282	10.0357
12	15.7089	7.6962	-7.5356	8.9765	-8.7645	8.5668	-0.457	-2.0026	-0.3755	1.0041	-0.2559	-0.7784	-0.958	0.2871	0.7129	1.1024	-0.1309	-0.0886	1.1763	0.1882	0.8097	47.2835	27.9786	33.0509
13	7.3264	0.3953	0.1415	4.5371	0.4052	9.2056	-0.0052	-0.7676	0.364	0.5893	-0.3152	-0.3469	-0.1328	0.2519	0.3204	0.3949	-0.2462	0.0052	0.3521	0.135	0.4022	41.6153	33.0651	30.8732
14	8.6089	1.1442	-3.7101	1.08	-1.6565	3.1133	-0.4227	-0.8447	-1.118	-0.4309	-0.167	-0.2647	0.8112	0.4135	0.5897	0.6279	-0.0316	0.0491	0.4357	0.2501	0.7017	48.9934	24.6396	22.8356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	0 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	41 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	61 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	162 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	192 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	229 - 257
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	0 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	18 - 46
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	47 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	73 - 178
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	179 - 196
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	197 - 238
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	239 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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