[日本語] English
万見
- PDB-3t6c: Crystal structure of an enolase from pantoea ananatis (efi target... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t6c
タイトルCrystal structure of an enolase from pantoea ananatis (efi target efi-501676) with bound d-gluconate and mg
要素Putative ManD family dehydratase
キーワードLYASE / Enolase / mannonate dehydratase related protein / enzyme function intitiative / Hydro-lyases / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-gluconic acid / D-galactonate dehydratase family member RspA
類似検索 - 構成要素
生物種Pantoea ananatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase from pantoea ananatis (efi target efi-501676) with bound d-gluconate and mg
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative ManD family dehydratase
B: Putative ManD family dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,78018
ポリマ－97,7452
非ポリマー1,03516
水17,186954
1
A: Putative ManD family dehydratase
B: Putative ManD family dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative ManD family dehydratase
B: Putative ManD family dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative ManD family dehydratase
B: Putative ManD family dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative ManD family dehydratase
B: Putative ManD family dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,12172
ポリマ－390,9818
非ポリマー4,14064
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area67280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area81920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.790, 130.790, 104.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

UNX

21B-418-

UNX

31A-510-

HOH

41A-523-

HOH

51B-535-

HOH

61B-572-

HOH

詳細probable octamer

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Putative ManD family dehydratase / RspA


分子量: 48872.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pantoea ananatis (バクテリア) / 株: LMG 20103 / 遺伝子: rspA, PANA_0592 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D4GJ14, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#3: 糖 ChemComp-GCO / D-gluconic acid / GLUCONIC ACID / グルコン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 196.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O7

-
非ポリマー , 5種, 968分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.8, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (1 M K/Na Tartrate, 100 mM MES pH 6.0); Soak (1 M K/Na Tartrate, 100 mM MES pH 6.0, 20% ethylene ...詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.8, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (1 M K/Na Tartrate, 100 mM MES pH 6.0); Soak (1 M K/Na Tartrate, 100 mM MES pH 6.0, 20% ethylene glycol, 70 mM NaGluconate) 1 min, vapour diffusion, sitting drop, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→40 Å / Num. all: 118520 / Num. obs: 118520 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.34 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.635.10.48257891.027198.2
1.63-1.665.20.43858181.025198.2
1.66-1.695.20.39757941.031198.3
1.69-1.725.20.3758121.045198.5
1.72-1.765.20.32258191.072198.7
1.76-1.85.20.28258671.068198.6
1.8-1.855.30.25958401.12198.8
1.85-1.95.40.23458701.157198.9
1.9-1.955.40.20658811.258199.1
1.95-2.025.40.19558871.417198.8
2.02-2.095.50.18758931.749199.4
2.09-2.175.50.17859291.952199.5
2.17-2.275.50.17259622.143199.6
2.27-2.395.60.16859361.909199.5
2.39-2.545.70.15159671.558199.6
2.54-2.745.80.11859821.193199.7
2.74-3.015.80.08160060.986199.6
3.01-3.455.90.06160821.059199.9
3.45-4.345.90.04860991.42199.5
4.34-405.70.04162871.449198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GY1

3gy1


解像度: 1.598→21.223 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1677 1848 1.67 %RANDOM
Rwork0.1391 ---
all0.1396 110754 --
obs0.1396 110754 92.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.044 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.63 Å2 / Biso mean: 15.913 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6241 Å2-0 Å20 Å2
2---0.6241 Å20 Å2
3---0.854 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→21.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6454 0 67 954 7475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7719451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1381025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4772584
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5978-1.6410.21671240.17287498762284
1.641-1.68930.20221310.1567741787286
1.6893-1.74380.20231380.15237817795587
1.7438-1.80610.17321340.14017944807889
1.8061-1.87840.18051340.14337971810589
1.8784-1.96380.19031400.14138188832891
1.9638-2.06720.19511430.14298521866495
2.0672-2.19660.17841480.1338627877596
2.1966-2.3660.16041440.14198577872195
2.366-2.60380.18361500.15088668881896
2.6038-2.97970.17541490.14818827897697
2.9797-3.75070.15231550.12979108926399
3.7507-21.22520.13211580.12529419957799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1271-0.0103-0.04270.1380.00610.0690.00960.02140.0399-0.0159-0.0034-0.0365-0.02150.03010.00260.0834-0.01250.00660.08470.00210.086493.332528.69521.5827
20.4379-0.136-0.03060.1221-0.08480.03950.02850.10250.1566-0.10120.0017-0.0648-0.06520.0346-0.00330.13130.00390.00170.12140.02090.107772.920426.3502-1.2802
30.0957-0.01260.01720.08740.01540.10940.00860.0130.0223-0.01030.0021-0.0111-0.02210.0157-0.00560.0654-0.00880.0090.06220.00260.065783.789320.638212.8521
40.1283-0.01870.00290-0.00520.1357-0.0098-0.00390.08890.00110.00880.0077-0.0936-0.0060.00010.10180.0006-0.00050.0596-0.00150.099968.267942.975827.106
50.11680.0234-0.04990.09270.05470.1219-0.026-0.06810.07620.09130.0223-0.0275-0.04050.0383-0.00040.11870.0094-0.00810.1045-0.0360.088660.191131.931852.0911
60.10650.04720.01310.0447-0.01450.05780.0416-0.07490.00850.0815-0.0394-0.0185-0.05980.01380.00190.126-0.022-0.01650.1242-0.02160.100781.428822.790859.892
70.1050.01070.08490.1356-0.01750.0958-0.0247-0.0714-0.01830.08140.0093-0.0285-0.0301-0.0173-0.00410.1061-0.0045-0.00570.1034-0.00610.071578.940718.400257.8889
80.18690.0424-0.01460.0658-0.07570.1196-0.002-0.02080.03110.01950.00770.0002-0.0370.0005-0.00040.0765-0.00080.00090.0608-0.01320.06766.997327.679842.8637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:145)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 146:214)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 215:417)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 4:106)B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 107:145)B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 146:185)B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 186:214)B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 215:417)B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る