PDB-3t4o: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with dihy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4o

タイトル

Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with dihydrozeatin

要素

Histidine kinase 4

キーワード

hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hothorn, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4.
著者: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J.

履歴

登録	2011年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3t4o.ent.gz	207.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t4o_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4o_full_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示
XML形式データ	3t4o_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	3t4o_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t4jSC 3t4kC 3t4lC 3t4qC 3t4sC 3t4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4t-d 3t4s-d 3t4j-d 3t4q-d 3t4l-d 3t4k-d 1tu4-7 5fh6-d 3guy-1 1eba-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (13)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (8)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine kinase 4

B: Histidine kinase 4

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.010, 60.010, 297.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG 分子量: 30735.533 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 149-418 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHK4, At2g01830, CRE1, RAW1, T23K3.2, WOL / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) 参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-WA2 / (2R)-2-methyl-4-(7H-purin-6-ylamino)butan-1-ol / (R)-2-メチル-4-[(1H-プリン-6-イル)アミノ]-1-ブタノ-ル分子量: 221.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→19.69 Å / Num. all: 64550 / Num. obs: 64550 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.15
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 4596 / R_sym value: 0.108 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T4J

3t4j

解像度: 1.75→19.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.148 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2021	3222	5 %	RANDOM
R_work	0.17943	-	-	-
all	0.18058	61157	-	-
obs	0.18058	61157	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4218	0	39	534	4791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4586
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.957	6254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	7628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.511	5	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.749	23.636	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.929	15	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.991	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.688	1.5	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.205	1.5	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.188	2	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.904	3	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.967	4.5	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	225	-
R_work	0.264	4423	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5822	3.4417	3.0003	10.1354	-2.61	7.0413	0.5456	-0.0048	-0.0617	1.2771	-0.5289	-0.1437	-0.0735	0.7414	-0.0167	0.3558	0.0227	-0.0145	1.1521	0.0499	0.2463	-4.4041	7.3449	66.9084
2	0.1962	0.0647	-0.9288	0.0753	-1.1022	19.1381	-0.0642	-0.1367	-0.0498	0.0019	-0.0402	0.0085	0.2612	-0.0952	0.1044	0.0825	-0.0331	0.0091	0.2617	0.0393	0.1571	-5.3251	9.927	35.4694
3	2.5116	0.4594	0.3735	1.1523	0.0469	1.1922	0.0994	-0.0758	0.1276	-0.0551	-0.0968	0.0889	-0.0797	-0.2392	-0.0025	0.0489	0.0428	0.0008	0.1826	0.0274	0.1314	-3.5579	19.6416	15.6693
4	5.5031	-1.4233	1.3341	5.2066	-0.0309	11.6583	-0.0042	-0.0076	0.2011	-0.1025	-0.1273	-0.1176	-0.6628	0.132	0.1315	0.0713	0.0082	0.0256	0.1023	0.0324	0.1503	10.6773	29.6054	10.661
5	2.605	0.276	-0.5366	2.1987	0.215	2.1393	-0.0092	-0.1675	0.1519	0.1875	-0.0078	-0.1543	-0.1805	0.1529	0.0169	0.0447	0.0142	-0.0043	0.1797	0.019	0.0933	10.3804	22.2215	20.0538
6	2.2783	-1.0895	-1.6155	3.0296	2.484	4.9911	0.0388	-0.0368	-0.1487	0.1652	-0.1244	0.1457	0.1351	-0.0548	0.0856	0.0195	0.0149	0.0085	0.1658	0.0803	0.1275	7.103	13.3753	22.5991
7	10.0883	6.8743	-12.6632	5.2449	-8.4209	15.9753	0.5142	0.0296	0.4424	0.3455	-0.0221	0.4281	-0.6455	-0.074	-0.492	0.1653	-0.0228	0.0461	0.3417	0.0221	0.232	-6.3255	21.1159	44.3637
8	8.3328	-2.4928	-5.0805	4.3395	2.8832	6.7192	0.0655	-0.5349	0.314	0.2836	0.0503	-0.2324	0.0599	0.4492	-0.1158	0.1555	-0.033	-0.0104	0.3544	0.0651	0.1717	7.6418	15.6788	45.8849
9	2.997	-14.3511	9.9448	83.7358	-59.9166	43.097	0.6247	-0.7991	0.5494	-0.321	0.9802	1.7039	0.0543	-0.0943	-1.6049	1.1622	-0.4248	0.5649	1.8332	-0.7117	1.482	6.0671	18.2721	59.2625
10	4.3906	-1.1618	-6.0479	1.3189	1.1934	13.8957	-0.0356	-0.4514	-0.0651	0.1901	-0.0872	-0.1233	0.4109	0.5256	0.1228	0.0957	-0.0104	-0.001	0.322	0.097	0.164	4.875	9.5174	45.1944
11	5.9347	-0.8102	0.8743	7.5604	-5.8408	14.7422	0.0318	-0.5977	-0.3478	0.4819	0.1729	0.3906	0.2766	-0.1899	-0.2047	0.1479	0.0186	-0.0219	0.2845	0.0395	0.1504	-16.5405	-12.0105	52.9453
12	0.1259	-0.2886	0.0825	12.5715	-13.0878	14.033	-0.0576	-0.1088	0.0223	0.353	-0.1383	-0.2314	-0.2526	0.3471	0.1959	0.0894	-0.0001	-0.0382	0.2758	0.0208	0.1346	-16.3144	4.5266	30.2037
13	3.9037	0.42	-0.1834	2.2954	0.3015	2.2853	0.0989	0.1583	0.0434	-0.2036	-0.1744	-0.1824	-0.048	0.0686	0.0755	0.0298	0.0405	-0.0005	0.2081	0.0296	0.101	-16.0344	10.0222	12.7716
14	5.1833	-0.5648	0.2092	6.6671	-0.8817	6.5659	-0.0483	0.3186	0.1353	-0.6264	0.022	-0.1461	0.0219	0.1657	0.0263	0.0834	0.0461	-0.0185	0.2516	-0.0125	0.0828	-32.3362	8.738	1.5262
15	4.9694	-0.6372	2.2766	1.4011	-0.52	1.1909	0.1747	0.1312	-0.3633	-0.086	-0.0537	0.0514	0.1752	0.0217	-0.121	0.099	0.036	0.0146	0.2727	0.02	0.1102	-30.5797	2.5753	8.3875
16	2.3478	-1.7425	0.5797	4.0748	-1.3517	2.1614	-0.0165	-0.0976	0.0778	0.1985	-0.0101	-0.0204	-0.0104	0.0251	0.0266	0.0235	0.02	-0.0176	0.2473	0.0147	0.0793	-28.8304	7.076	22.0118
17	5.283	-2.0571	1.5601	3.5582	-0.1073	3.0003	0.0809	0.0386	-0.571	0.2328	0.0808	0.3293	0.302	-0.1407	-0.1617	0.2043	0.0246	-0.0169	0.2856	0.0382	0.1911	-26.5955	-9.9112	38.1989
18	1.825	-1.2973	1.5558	2.5366	-1.3808	4.3966	-0.1535	-0.1779	-0.0842	0.4567	0.1977	0.0928	-0.238	-0.2015	-0.0442	0.0905	0.0319	-0.0024	0.2767	0.0523	0.1448	-26.5569	-2.3999	37.2453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	126 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	229 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 325
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	326 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	340 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	364 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	370 - 393
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	127 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	145 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	228 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	260 - 333
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	334 - 373
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	374 - 393

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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