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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t4m | ||||||
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タイトル | Ac-AChBP ligand binding domain mutated to human alpha-7 nAChR (intermediate) | ||||||
![]() | Soluble acetylcholine receptor | ||||||
![]() | RECEPTOR / Mutated Acetylcholine Binding Protein / Aplysia californica / alpha-7 human nicotinic acetylcholine receptor / AChBP / nAChR / Binding Protein / Acetylcholine / Glycosylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nemecz, A. / Taylor, P.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Creating an alpha-7 nicotinic acetylcholine recognition domain from the acetylcholine binding protein: crystallographic and ligand selectivity analyses 著者: Nemecz, A. / Taylor, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 355.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 581.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 643.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDEFGHIJ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 26347.141 Da / 分子数: 10 / 断片: unp residues 18-236 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AChBP / プラスミド: pFLAG-CMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S Gnt1 / 発現宿主: ![]() #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 4種, 111分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 0.02M calcium chloride, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月29日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 56723 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 40.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.143 / Rsym value: 0.959 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Modified 2-BYP 解像度: 3→37.203 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.209 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→37.203 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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