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- PDB-3t4b: Crystal Structure of the HCV IRES pseudoknot domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t4b
タイトルCrystal Structure of the HCV IRES pseudoknot domain
要素HCV IRES pseudoknot domain plus crystallization module
キーワードRNA / Pseudoknot / four-way junction / HCV IRES central domain
機能・相同性NICKEL (II) ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Hepatitis C virus ED43 (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Berry, K.E. / Waghray, S. / Mortimer, S.A. / Bai, Y. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the HCV IRES central domain reveals strategy for start-codon positioning.
著者: Berry, K.E. / Waghray, S. / Mortimer, S.A. / Bai, Y. / Doudna, J.A.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年11月23日Group: Other
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn ...entity / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_fragment / _struct.pdbx_descriptor ..._entity.pdbx_fragment / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV IRES pseudoknot domain plus crystallization module
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,26718
ポリマ－27,2691
非ポリマー99817
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.390, 113.390, 88.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細AS PER THE AUTHORS THERE IS ABSOLUTELY NO EVIDENCE TO SUGGEST THAT THE HCV IRES FUNCTIONS AS A DIMER

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要素

#1: RNA鎖 HCV IRES pseudoknot domain plus crystallization module


分子量: 27269.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This portion of RNA sequence was inserted to facilitate crystallization
由来: (合成) synthetic construct (人工物), (合成) Hepatitis C virus ED43 (C型肝炎ウイルス)
参照: GenBank: 2252489
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RNA was mixed in a 1:1 ratio with well solution (0.5-0.6 M Li2SO4, 30-37 mM MgCl2, 1-2 mM spermine, 50 mM MES, pH 6.5) with an additional 10 mM NiCl2 added to the drop before equilibration, ...詳細: RNA was mixed in a 1:1 ratio with well solution (0.5-0.6 M Li2SO4, 30-37 mM MgCl2, 1-2 mM spermine, 50 mM MES, pH 6.5) with an additional 10 mM NiCl2 added to the drop before equilibration, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159, 1.4855, 1.4370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11591
21.48551
31.4371
反射解像度: 3.55→100 Å / Num. all: 7384 / Num. obs: 7348 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.55→3.64 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique all: 515 / Rsym value: 0.757 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.55→40.089 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 366 5 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.2227 7317 99.65 %-
all-7319 --
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.231 Å2 / ksol: 0.258 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0892 Å2-0 Å20 Å2
2---11.0892 Å2-0 Å2
3---22.1785 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→40.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1796 17 0 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7693166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4231003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.55-4.06390.34591190.349622572258
4.0639-5.11840.28661180.268722812281
5.1184-40.0920.22391290.178524132414
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4364-0.50770.73340.40640.7151.8301-0.1158-1.47080.6490.58620.86630.1850.34350.8936-0.00452.17740.560.25732.5250.28241.9369-28.6437-71.5451101.3591
21.3968-0.7281-0.66811.19840.47550.29030.22960.1042-0.8442-0.09430.35730.85290.2115-0.83550.00061.21640.15440.18221.73380.26481.3549-22.7683-62.395381.5445
30.9405-1.01850.88971.4335-1.57921.53980.68450.669-0.1755-0.31550.6591.05981.2569-0.93080.00371.3806-0.2168-0.0231.39210.07531.1346-12.5683-59.464659.5791
40.49990.1540.7510.31930.36221.2031-0.2907-0.5236-1.084-0.37220.76960.44460.17-0.3686-0.0021.17370.1760.04961.630.50282.3606-41.5074-63.359978.5335
51.59191.77391.40736.74434.86323.50480.95941.05180.57680.72240.6657-0.03810.3441-0.82850.73860.3960.40350.43811.74570.96662.1074-42.6219-62.457995.3513
60.9604-0.53771.49081.0452-0.78892.22410.14841.05320.13970.0877-0.3697-0.11041.01060.47740.05421.52430.20020.49171.50870.28972.7194-49.7469-53.653106.0719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 125:133 OR RESID 315:324 ) )A125 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 125:133 OR RESID 315:324 ) )A315 - 324
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 134:139 OR RESID 285:290 ) )A134 - 139
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 134:139 OR RESID 285:290 ) )A285 - 290
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1:21 )A1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 291:302 )A291 - 302
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 303:305 OR RESID 312:314 ) )A303 - 305
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 303:305 OR RESID 312:314 ) )A312 - 314
9X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 306:311 OR RESID 325:331 OR RESID 332:332 ) )A306 - 311
10X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 306:311 OR RESID 325:331 OR RESID 332:332 ) )A325 - 331
11X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 306:311 OR RESID 325:331 OR RESID 332:332 ) )A332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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