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- PDB-3t0e: Crystal structure of a complete ternary complex of T cell recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0e
タイトルCrystal structure of a complete ternary complex of T cell receptor, peptide-MHC and CD4
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain
  • T-cell receptor alpha chain
  • T-cell receptor beta chain
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD4 / T cell receptor / TCR / HLA class II / MHC / autoimmunity / T cell activation / Immunoglobulin fold / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / regulation of interleukin-10 production / response to methamphetamine hydrochloride / maintenance of protein location in cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / cellular response to ionomycin ...regulation of interleukin-4 production / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / regulation of interleukin-10 production / response to methamphetamine hydrochloride / maintenance of protein location in cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / cellular response to ionomycin / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / T cell selection / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class II protein binding / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / CD4 receptor binding / response to vitamin D / intermediate filament / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T-helper 1 type immune response / Other interleukin signaling / T cell receptor complex / transport vesicle membrane / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein kinase activity / regulation of calcium ion transport / humoral immune response / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / immunological synapse / T cell differentiation / immunoglobulin binding / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / MHC class II antigen presentation / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / Vpu mediated degradation of CD4 / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / calcium-mediated signaling / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / response to estradiol / signaling receptor activity / T cell receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / early endosome membrane / response to ethanol
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 2 / T-cell surface glycoprotein CD4 / T cell receptor alpha chain constant / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Yin, Y. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a complete ternary complex of T-cell receptor, peptide-MHC, and CD4.
著者: Yin, Y. / Wang, X.X. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain
C: T-cell receptor alpha chain
D: T-cell receptor beta chain
E: T-cell surface glycoprotein CD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3155
ポリマ－138,3155
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)146.151, 146.151, 231.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21155.904 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain / MHC class II antigen DRB1*4 / DR-4 / DR4


分子量: 25169.824 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 30-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pET-26b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13760, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 22743.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-26b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#4: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 27531.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-26b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS
#5: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 41714.750 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-398 / Mutation: Q40Y, T45W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4 / プラスミド: pAcGP67B / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01730
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 10 mM Tris-HCl pH8, 10 mM NaAc pH5.2, 5 mM NaCl, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月2日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→47.672 Å / Num. all: 21831 / Num. obs: 21818 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.099

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→47.672 Å / SU ML: 1.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3047 1066 4.89 %
Rwork0.2383 --
obs0.2417 21818 99.79 %
all-21831 -
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 181.97 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2812 Å20 Å2-0 Å2
2--8.2812 Å20 Å2
3----16.5623 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→47.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9259 0 0 0 9259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10312900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.133423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-4.1820.39971430.37162527X-RAY DIFFRACTION100
4.182-4.40230.37091380.32422535X-RAY DIFFRACTION100
4.4023-4.67790.31561210.26142561X-RAY DIFFRACTION100
4.6779-5.03880.27931120.22712588X-RAY DIFFRACTION100
5.0388-5.54510.3261110.22352591X-RAY DIFFRACTION100
5.5451-6.34590.34831490.26542583X-RAY DIFFRACTION100
6.3459-7.98910.32891470.21112620X-RAY DIFFRACTION100
7.9891-47.67560.25861450.21542747X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.65360.1402-0.61411.3447-1.41018.1827-0.2822-1.04090.37890.74830.181-0.1632-0.25790.610101.64690.1258-0.05951.8356-0.09191.81715.509146.0548-14.9675
25.5732-1.03261.73984.7125-1.19290.89070.44490.50991.0002-0.99980.4174-0.5701-0.15160.187101.9782-0.16130.17311.7350.05111.95863.361749.6265-26.9411
32.32421.84961.4973.36243.7573.9529-0.4050.58180.9445-0.62040.36890.1290.22360.2275-01.861-0.0190.15331.85720.5042.314420.164755.5693-41.2249
41.945-0.4511-2.48813.30041.73833.38590.1125-0.9943-0.4127-0.32310.2297-0.0294-0.02751.08301.818-0.1636-0.06921.68970.13631.696335.921635.8124-37.2283
56.1348-1.585-1.64234.9288-1.75731.187-0.5631-0.338-1.29680.83750.2699-0.30910.7073-0.8306-01.6508-0.0743-0.0411.7963-0.02851.7593-20.519330.2272-13.4572
67.60832.1719-1.40131.461-0.07623.9106-0.21060.70660.7152-0.5416-0.1638-0.36750.5571-0.042801.8492-0.2555-0.21232.4927-0.09351.9497-54.834331.3643-8.5559
75.2970.49520.55565.3023-2.66154.2120.04360.31791.7139-0.48630.0660.2510.6591-1.0322-01.8835-0.06460.04341.93140.2172.1928-24.012651.5787-24.3677
81.90230.57490.23695.5086-2.92871.50740.31920.23090.39270.228-0.390.2059-0.19490.059501.8899-0.0636-0.02492.6768-0.01522.3616-51.272448.2009-9.3938
93.77020.17112.25215.49191.59083.86520.8160.2069-0.0551-0.3336-0.35610.0050.0180.181902.03920.09220.32771.9158-0.06482.034540.437857.4493-25.1327
103.34512.93191.25142.64681.9754.23950.5454-1.1735-0.0195-0.4607-0.0298-0.1893-0.24750.4448-0.00012.3270.379-0.27261.8939-0.0952.062436.957863.64676.2193
113.40223.4857-1.05043.3808-1.47492.71690.2045-0.41930.0203-0.20660.21560.2957-0.4761-1.643-02.00090.4666-0.24082.0587-0.03252.29517.028856.620934.2973
120.70530.0108-0.89-0.1192-0.05221.0145-0.02280.08310.0042-0.5240.05850.418-0.08510.3586-03.09620.27850.02742.9394-0.34512.117514.770577.465156.6298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 1:122))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and resseq 1:83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and resseq 84:181
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and resseq 123:219
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and resseq 1:109
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and resseq 110:199
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and resseq 1:115
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and resseq 116:245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and resseq 1:97
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and resseq 98:177
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and resseq 178:290
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and resseq 291:365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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