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- PDB-3szk: Crystal Structure of Human metHaemoglobin Complexed with the Firs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3szk
タイトルCrystal Structure of Human metHaemoglobin Complexed with the First NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
  • Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードOXYGEN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / methaemoglobin / NEAT domain / IsdH / host-pathogen interaction / OXYGEN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Hemoglobin, pi ...Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Hemoglobin, pi / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Jacques, D.A. / Kumar, K.K. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for hemoglobin capture by Staphylococcus aureus cell-surface protein, IsdH
著者: Krishna Kumar, K. / Jacques, D.A. / Pishchany, G. / Caradoc-Davies, T. / Spirig, T. / Malmirchegini, G.R. / Langley, D.B. / Dickson, C.F. / Mackay, J.P. / Clubb, R.T. / Skaar, E.P. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit beta
F: Iron-regulated surface determinant protein H
A: Hemoglobin subunit alpha
C: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,35710
ポリマ－99,8916
非ポリマー2,4664
水00
1
D: Hemoglobin subunit alpha
E: Hemoglobin subunit beta
F: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1785
ポリマ－49,9453
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
B: Hemoglobin subunit beta
A: Hemoglobin subunit alpha
C: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1785
ポリマ－49,9453
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.880, 123.206, 143.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12E
22F
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS4BB2 - 1432 - 143
21VALVALTYRTYR4AE1 - 1401 - 140
12THRTHRALAALA5EC12 - 14212 - 142
22SERSERLEULEU5FD89 - 22924 - 164
13ALAALALEULEU4CF86 - 22921 - 164
23VALVALTYRTYR4DA1 - 1401 - 140

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain / LVV-hemorphin-7


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein H / IsdH / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 18904.824 Da / 分子数: 2 / Fragment: first NEAT domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NW39
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 0.1M Tris-bis propane, 20% PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月2日
放射モノクロメーター: OSMIC VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.007→48.59 Å / Num. obs: 22644 / % possible obs: 95.76 %
反射 シェル解像度: 3.007→3.085 Å / % possible all: 99.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DN1, 3OVU

2dn1

3ovu


解像度: 3.01→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 49.675 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27539 1224 5.1 %RANDOM
Rwork0.24523 ---
obs0.2468 22644 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6434 0 172 0 6606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0226797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6982.0319306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71310724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6825823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.82924.844289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.536151048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.69924143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.59821654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.62836663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.63842654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.68962643
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A143MEDIUM POSITIONAL2.610.5
1A143MEDIUM THERMAL0.132
2E40MEDIUM POSITIONAL4.670.5
2E38LOOSE POSITIONAL5.035
2E40MEDIUM THERMAL0.182
2E38LOOSE THERMAL0.1110
3C20MEDIUM POSITIONAL0.410.5
3C20MEDIUM THERMAL0.132
LS精密化 シェル解像度: 3.007→3.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 84 -
Rwork0.374 1542 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4475-0.18120.88863.32120.90493.3871-0.0499-0.37530.11650.2736-0.06060.2337-0.1489-0.44860.11050.0910.04910.01750.1278-0.03020.056541.119946.7285-43.4673
24.2349-1.2381-2.42724.62540.57846.75050.2276-0.9381-0.41820.3916-0.03130.3252-0.12440.0885-0.19630.2344-0.10440.01010.30880.16810.165448.696128.3315-29.9649
32.8258-0.03890.984.3613-1.50853.4080.1450.3105-0.1015-0.3839-0.3159-0.11130.3528-0.1630.17090.2350.0773-0.01470.1696-0.10940.20238.765639.6531-73.0442
42.88860.41130.92794.13151.54163.4689-0.25590.34560.1909-0.99240.3039-0.1521-0.6538-0.026-0.0480.3937-0.21270.03410.2970.00820.085431.35128.58657.3587
53.089-2.8259-0.52628.5149-1.31777.07610.05610.26330.2598-1.21640.3865-1.0831-0.14180.6283-0.44260.54-0.44250.450.6106-0.25760.508750.35980.0436-4.3324
64.05670.1435-1.37913.39431.2714.0226-0.22290.03660.00880.05470.283-0.2597-0.00330.4168-0.06010.09810.0254-0.09790.147-0.10880.243938.42410.950836.9925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3C86 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5E12 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6F89 - 229

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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