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- PDB-3sxp: Crystal Structure of Helicobacter pylori ADP-L-glycero-D-manno-he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sxp
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase (rfaD, HP0859)
要素ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
キーワードISOMERASE / Rossmann fold / Epimerase / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase activity / NADP binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Zanotti, G. / Cendron, L.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase (HP0859) from Helicobacter pylori.
著者: Shaik, M.M. / Zanotti, G. / Cendron, L.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of ADP-L-glycero-D-mannoheptose 6-epimerase: catalysis with a twist
著者: Deacon, A.M. / Ni, Y.S. / Coleman, W.G. / Ealick, S.E.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
B: ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
C: ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
D: ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
E: ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,05610
ポリマ－205,7395
非ポリマー3,3175
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.940, 106.770, 152.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase


分子量: 41147.742 Da / 分子数: 5 / 変異: G7E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: hp0859, HPG27_813 / プラスミド: pET101-HP0859 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B5Z7L9, ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate, 0.1M Tri Sodium citrate pH 5.6, 15% (w/v), PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→53.38 Å / Num. all: 55485 / Num. obs: 55485 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQ2

1eq2


解像度: 2.55→53.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 5954333.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2808 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.241 55485 --
obs0.239 55485 85.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.1885 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å20 Å2-3.78 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3---1.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→53.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12448 0 220 245 12913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 373 4.9 %
Rwork0.356 7168 -
obs-6600 70.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6NAP.parNAP.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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