PDB-3swj: Crystal structure of Campylobacter jejuni ChuZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3swj

タイトル

Crystal structure of Campylobacter jejuni ChuZ

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

HEME BINDING PROTEIN / ChuZ / heme oxygenase / bacterial iron aquisition

機能・相同性

機能・相同性情報

PNP-oxidase-like / Split barrel-like / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.409 Å

データ登録者

Hu, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Campylobacter jejuni ChuZ: a split-barrel family heme oxygenase with a novel heme-binding mode.
著者: Zhang, R. / Zhang, J. / Guo, G. / Mao, X. / Tong, W. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Hu, Y. / Zou, Q.

履歴

登録	2011年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3swj.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3swj.ent.gz	93.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3swj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3swj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3swj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3swj_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	3swj_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6u75-1 3tqq-d 1fmt-2 2h1r-2 6ult-2 1fmt-1 3o7n-d 6fh4-d 4ybu-2 3ok5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.474, 106.698, 52.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HEM

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / ChuZ 分子量: 28742.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: RM1221 / 遺伝子: chuZ, CJE1785 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HSH8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 24% PEG 400, 0.1M MES, 0.1M imidazole, 5mM azide, pH 6.5, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: Mar225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→74.978 Å / Num. all: 11858 / Num. obs: 11858 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.53	5.3	0.527	0.473	1.6	9050	1702	0.226	0.527	0.473	3.3	99.9
2.53-2.68	5.3	0.307	0.275	2.7	8647	1620	0.132	0.307	0.275	4.8	99.9
2.68-2.87	5.3	0.194	0.175	4.3	8124	1526	0.083	0.194	0.175	7.1	99.9
2.87-3.1	5.3	0.128	0.116	6.2	7508	1409	0.054	0.128	0.116	10.1	99.9
3.1-3.39	5.3	0.092	0.083	8	7003	1321	0.038	0.092	0.083	14.1	99.8
3.39-3.79	5.3	0.069	0.062	10.2	6332	1197	0.028	0.069	0.062	18.7	99.9
3.79-4.38	5.2	0.068	0.062	9.1	5557	1065	0.028	0.068	0.062	21.2	100
4.38-5.37	5.2	0.084	0.077	7.3	4733	916	0.034	0.084	0.077	22.8	100
5.37-7.59	5.1	0.069	0.062	9.5	3630	717	0.029	0.069	0.062	21.9	99.9
7.59-42.895	4.5	0.042	0.037	16.3	1740	385	0.019	0.042	0.037	23.7	93.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.409→37.407 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7661 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2596	535	4.79 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2091	11177	93.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.995 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 186.4 Å² / B_iso mean: 87.0581 Å² / B_iso min: 28.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.6226 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.2013 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.409→37.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1959	0	79	17	2055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	2834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.815	739

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4091-2.6515	0.4602	119	0.3395	2093	2212	76
2.6515-3.035	0.3261	141	0.2753	2773	2914	99
3.035-3.8232	0.3002	133	0.2184	2845	2978	100
3.8232-37.4111	0.2097	142	0.1744	2931	3073	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2812	-0.4092	0.5395	1.4007	-0.575	1.407	0.1216	0.2593	-0.7497	0.0811	0.5594	-1.2566	0.2124	0.3433	0.2765	0.5737	0.1085	-0.1961	0.427	-0.2247	1.293	46.706	-29.5305	2.2323
2	1.2056	0.1552	-0.1099	3.5652	0.0894	1.4976	-0.2159	-0.2539	0.0147	1.2608	0.3888	0.3909	0.0666	0.0222	-0.0222	0.4805	0.1017	0.0808	0.3772	0.0178	0.2954	30.7331	1.2327	9.4171
3	0.9521	-0.2682	0.5334	0.0992	-0.1555	0.3118	0.0336	0.2056	0.16	0.0211	0.0536	0.0645	-0.0195	0.1772	-0.024	0.4383	0.0198	-0.094	0.4824	0.0095	0.6693	32.0006	-18.4221	1.1346
4	0.0874	-0.0004	-0.0096	0.0235	-0.0044	0.0121	-0.0037	-0.0092	0.032	0.0132	-0.0171	-0.0099	-0.0217	0.0047	-0.0057	1.0471	-0.0007	-0.5602	1.0851	-0.0053	0.9339	53.2349	-28.959	13.1285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:83)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 84:251)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 300:301)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 302)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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