[日本語] English
万見
- PDB-3sw8: Strep Peptide Deformylase with a time dependent dichlorobenzamide... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sw8
タイトルStrep Peptide Deformylase with a time dependent dichlorobenzamide-reverse hydroxamic acid
要素Peptide deformylase 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-beta / peptide deformylase / metal binding protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LI / NICKEL (II) ION / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Campobasso, N. / Smith, K.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Understanding the origins of time-dependent inhibition by polypeptide deformylase inhibitors.
著者: Totoritis, R. / Duraiswami, C. / Taylor, A.N. / Kerrigan, J.J. / Campobasso, N. / Smith, K.J. / Ward, P. / King, B.W. / Murrayz-Thompson, M. / Jones, A.D. / Van Aller, G.S. / Aubart, K.M. / ...著者: Totoritis, R. / Duraiswami, C. / Taylor, A.N. / Kerrigan, J.J. / Campobasso, N. / Smith, K.J. / Ward, P. / King, B.W. / Murrayz-Thompson, M. / Jones, A.D. / Van Aller, G.S. / Aubart, K.M. / Zalacain, M. / Thrall, S.H. / Meek, T.D. / Schwartz, B.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structural variation and inhibitor binding in polypeptide deformylase from four different bacterial species.
著者: Smith, K.J. / Petit, C.M. / Aubart, K. / Smyth, M. / McManus, E. / Jones, J. / Fosberry, A. / Lewis, C. / Lonetto, M. / Christensen, S.B.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Peptide deformylase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3456
ポリマ－22,7211
非ポリマー6245
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.015, 50.015, 91.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Peptide deformylase 3 / PDF 3 / Polypeptide deformylase 3


分子量: 22721.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: defB, def3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q939R9, peptide deformylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-5LI / 2,3-dichloro-N-{2-[formyl(hydroxy)amino]ethyl}benzamide


分子量: 277.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10Cl2N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 - 2.8 M ammonium sulfate, 1 % - 3 % PEG400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 24582 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.702→24.125 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1940 8.11 %
Rwork0.1931 --
obs0.1955 23920 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.761 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1931 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1931 Å2-0 Å2
3----6.3862 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→24.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1523 0 33 168 1724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.042128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.026591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.702-1.74470.28261230.24691414X-RAY DIFFRACTION89
1.7447-1.79190.22451320.22481520X-RAY DIFFRACTION93
1.7919-1.84460.25591350.20591510X-RAY DIFFRACTION95
1.8446-1.90410.23531320.19341548X-RAY DIFFRACTION95
1.9041-1.97210.25671400.20261547X-RAY DIFFRACTION97
1.9721-2.05110.26081370.19881580X-RAY DIFFRACTION98
2.0511-2.14440.23341400.19471610X-RAY DIFFRACTION99
2.1444-2.25730.25961450.19311593X-RAY DIFFRACTION98
2.2573-2.39860.25771340.19281579X-RAY DIFFRACTION98
2.3986-2.58360.23411390.19111604X-RAY DIFFRACTION99
2.5836-2.84330.21391470.20831602X-RAY DIFFRACTION100
2.8433-3.25390.20511420.1961618X-RAY DIFFRACTION100
3.2539-4.09630.19191470.17671611X-RAY DIFFRACTION99
4.0963-24.12710.20711470.1841644X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る