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万見
- PDB-3sw4: Crystal Structure of the CDK2 in complex with thiazolylpyrimidine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sw4
タイトルCrystal Structure of the CDK2 in complex with thiazolylpyrimidine inhibitor
要素Cyclin-dependent kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / Alpha and beta protein (a+b) / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cajal body / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / potassium ion transport / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / transcription regulator complex / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-18K / ACETATE ION / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CDK2 in complex with a thiazolylpyrimidine inhibitor
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Other
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3883
ポリマ－34,0031
非ポリマー3852
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.477, 72.144, 72.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2 / プラスミド: pFB1 / 細胞株 (発現宿主): High-five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-18K / N'-[4-(2-amino-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)pyrimidin-2-yl]-N,N-dimethylbenzene-1,4-diamine


分子量: 326.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N6S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 15-20% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M HEPES pH 7.8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 37677 / Num. obs: 37564 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.537 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.6360.39117770.843196.6
1.63-1.666.30.34918340.941199.5
1.66-1.696.70.32818460.964199.8
1.69-1.7270.27418811.0261100
1.72-1.767.20.25718541.073199.9
1.76-1.87.30.21918591.1211100
1.8-1.857.30.19818631.2011100
1.85-1.97.30.15918671.4361100
1.9-1.957.30.13818571.6571100
1.95-2.027.30.11818631.9241100
2.02-2.097.30.1118751.8961100
2.09-2.177.20.09318622.0471100
2.17-2.277.20.08118871.7691100
2.27-2.397.30.06918701.9561100
2.39-2.547.20.06518871.7171100
2.54-2.747.10.0618961.8221100
2.74-3.017.10.05319191.7681100
3.01-3.457.20.04319151.552199.9
3.45-4.3470.03619291.774199.8
4.34-506.60.03120231.912197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9537 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9433 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 1576 5.02 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1851 31405 99.86 %-
all-31449 --
原子変位パラメータBiso max: 120.67 Å2 / Biso mean: 26.5265 Å2 / Biso min: 7.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.029 Å20 Å20 Å2
2---1.5947 Å20 Å2
3---0.5657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 27 143 2418
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1134SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes386HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2428HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2929SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2428HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3312HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 155 5.48 %
Rwork0.1934 2674 -
all0.1938 2829 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80730.0355-0.01220.0098-0.32320-0.0001-0.01160.01960.01230.0145-0.0139-0.00260.0242-0.0144-0.0605-0.0008-0.0241-0.01030.04830.046418.755516.4321-11.9482
21.10720.41810.21551.525-0.06680.3401-0.0130.05570.1084-0.0712-0.0097-0.0584-0.03360.08780.0227-0.0302-0.00280.0132-0.04330.0255-0.006913.75022.5064-17.5381
31.3811-0.54060.52831.4956-0.41920.77720.0225-0.0805-0.07960.10240.01120.09320.00060.0341-0.0337-0.0183-0.00460.0003-0.04980.0007-0.03777.3395-14.9287-9.666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 34}A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2{A|35 - 153}A35 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3{A|164 - 298}A164 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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