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万見
- PDB-3ssb: Structure of Insect Metalloproteinase Inhibitor in Complex with T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ssb
タイトルStructure of Insect Metalloproteinase Inhibitor in Complex with Thermolysin
要素
  • (Inducible metalloproteinase inhibitor ...) x 2
  • Thermolysin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Thermolysin fold - Family I8 fold / Metalloprotease Thermolysin inhibitor / Zn Binding / Secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / thermolysin / anatomical structure morphogenesis / extracellular matrix organization / wound healing / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal ...: / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermolysin / Inducible metalloproteinase inhibitor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Arolas, J.L. / Botelho, T.O. / Vilcinskas, A. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for standard-mechanism inhibition in metallopeptidases from a complex poised to resynthesize a Peptide bond.
著者: Arolas, J.L. / Botelho, T.O. / Vilcinskas, A. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
C: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
I: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
B: Thermolysin
D: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
J: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,35719
ポリマ－84,6636
非ポリマー69413
水10,989610
1
A: Thermolysin
C: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
I: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,72410
ポリマ－42,3323
非ポリマー3937
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
2
B: Thermolysin
D: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
J: Inducible metalloproteinase inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6329
ポリマ－42,3323
非ポリマー3016
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.640, 78.370, 92.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Author states that inhibitor IMPI alpha maintains its 3D structure (represented by chains C,I and D,J) after being cleaved between residues 56-57. The biological assemnbly is a dimeric complex between a proteinase moiety (chains A or B) and an inhibitor moiety (chains C,I or D,J) indicated as trimeric in remark 350.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

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Inducible metalloproteinase inhibitor ... , 2種, 4分子 CDIJ

#2: タンパク質・ペプチド Inducible metalloproteinase inhibitor protein / IMPI alpha


分子量: 4286.869 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 19-56 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
遺伝子: IMPI / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Origami2 / 参照: UniProt: P82176
#3: タンパク質・ペプチド Inducible metalloproteinase inhibitor protein / IMPI alpha


分子量: 3684.299 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 57-88 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
遺伝子: IMPI / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Origami2 / 参照: UniProt: P82176

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非ポリマー , 5種, 623分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% w/v PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 59746 / Num. obs: 59746 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 20.3 / Num. unique all: 59746 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TMN

2tmn


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.423 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 793 1.3 %RANDOM
Rwork0.15863 ---
all0.15911 59746 --
obs0.15911 58951 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20.23 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5842 0 28 610 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9318167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90839388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0365752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04924.698298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52715888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6261524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.53752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1831.51576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06525979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76132279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7254.52188
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 49 -
Rwork0.207 4150 -
obs--94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01070.27850.43910.8266-0.32141.4555-0.05160.0185-0.0426-0.0045-0.019-0.1282-0.036-0.03190.07050.0361-0.02040.01980.074-0.02110.147522.20221.50538.712
20.94290.0458-0.71590.28950.28341.67840.0125-0.05620.02940.0419-0.03440.09120.0520.01840.02190.1401-0.0586-0.01070.15240.02460.14581.87717.88684.736
32.71912.04470.83912.8371.44741.10420.17150.185-0.0442-1.145-0.23470.8176-0.0911-0.10430.06310.16530.0618-0.08460.1916-0.00880.22676.060.32933.915
42.71983.413-1.88116.7045-2.20851.66640.1606-0.03910.0984-1.3812-0.2265-0.63670.027-0.01490.06590.31280.02630.10690.21490.01060.182816.67339.58980.018
50.20260.095-0.16820.1736-0.02070.650.0014-0.0144-0.02280.0255-0.014-0.01820.0082-0.01930.01250.1991-0.0116-0.01450.23150.00670.283113.1919.09156.367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 316
2X-RAY DIFFRACTION1A999
3X-RAY DIFFRACTION1A998
4X-RAY DIFFRACTION1A997
5X-RAY DIFFRACTION1A996
6X-RAY DIFFRACTION1A995
7X-RAY DIFFRACTION2B1 - 316
8X-RAY DIFFRACTION2B999
9X-RAY DIFFRACTION2B998
10X-RAY DIFFRACTION2B997
11X-RAY DIFFRACTION2B996
12X-RAY DIFFRACTION2B995
13X-RAY DIFFRACTION3I57 - 86
14X-RAY DIFFRACTION3C22 - 56
15X-RAY DIFFRACTION4J57 - 85
16X-RAY DIFFRACTION4D23 - 56
17X-RAY DIFFRACTION5C595 - 1112
18X-RAY DIFFRACTION5D762 - 1101
19X-RAY DIFFRACTION5I501
20X-RAY DIFFRACTION5J853 - 1108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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