+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ssa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of subunit B mutant N157T of the A1AO ATP synthase | ||||||
要素 | V-type ATP synthase beta chain | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ATP binding (アデノシン三リン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sundararaman, L. / Manimekalai, M.S.S. / Jeyakanthan, J. / Gruber, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of subunit A mutants H156A, N157A and N157T of the A1AO ATP synthase 著者: Sundararaman, L. / Manimekalai, M.S.S. / Gruber, G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2009 タイトル: Spectroscopic and crystallographic studies of the mutant R416W give insight into the nucleotide binding traits of subunit B of the A1Ao ATP synthase. 著者: Kumar, A. / Manimekalai, M.S. / Balakrishna, A.M. / Hunke, C. / Weigelt, S. / Sewald, N. / Gruber, G. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Structure of the nucleotide-binding subunit B of the energy producer A1A0 ATP synthase in complex with adenosine diphosphate. 著者: Kumar, A. / Manimekalai, M.S. / Gruber, G. #3: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009 タイトル: A second transient position of ATP on its trail to the nucleotide-binding site of subunit B of the motor protein A(1)A(0) ATP synthase. 著者: Manimekalai, M.S. / Kumar, A. / Balakrishna, A.M. / Gruber, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ssa.cif.gz | 216.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3ssa.ent.gz | 168.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ssa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssa | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50327.242 Da / 分子数: 2 / 変異: N157T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) 株: Go1 / 遺伝子: ahaB, atpB, MM_0779 / プラスミド: pET9D-HIS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60187, ATP合成酵素 |
---|
-非ポリマー , 7種, 1129分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-AES / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30% glycerol, PEG 400, 0.1M Sodium Chloride and 0.1M Sodium citrate (pH 5.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 20.8 / 数: 552277 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.44 / D res high: 1.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 101545 / % possible obs: 99.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 102059 / Num. obs: 101545 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.934 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.44 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2C61 解像度: 1.7→13.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1916 / WRfactor Rwork: 0.1429 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8739 / SU B: 1.877 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0898 / SU Rfree: 0.0969 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.41 Å2 / Biso mean: 25.3045 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.45 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.697→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
|