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万見
- PDB-3sr0: Crystal Structure of the Phosphoryl Transfer Transition State Mim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sr0
タイトルCrystal Structure of the Phosphoryl Transfer Transition State Mimic in the Adenylate Kinase: ADP/AlF4/AMP in the active site
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphoryl Transfer analogue / AlF4 / transferase (Phosphotransferase) / phosphoryl transfer / Nucleotide-binding / Phosphoryl Transfer of nucleotides
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.565 Å
データ登録者Cho, Y.-J. / Kern, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The energy landscape of adenylate kinase during catalysis.
著者: Kerns, S.J. / Agafonov, R.V. / Cho, Y.J. / Pontiggia, F. / Otten, R. / Pachov, D.V. / Kutter, S. / Phung, L.A. / Murphy, P.N. / Thai, V. / Alber, T. / Hagan, M.F. / Kern, D.
履歴
登録2011年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32015年2月18日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,34210
ポリマ－46,5382
非ポリマー1,8038
水13,493749
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1715
ポリマ－23,2691
非ポリマー9024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1715
ポリマ－23,2691
非ポリマー9024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.950, 69.580, 85.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 23269.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: adk, Aquifex, aq_078 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase

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非ポリマー , 5種, 757分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 5.4, 0.2M Ammonium Acetate, 30% w/v Polyethylene Glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9739 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月19日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.565→41.79 Å / Num. all: 56246 / Num. obs: 56098 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.36 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 1.565→1.61 Å / 冗長度: 4.75 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 7959 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_794)精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.565→41.786 Å / SU ML: 0.43 / Isotropic thermal model: anisotropic/isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1885 2844 5.08 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.1496 56016 99.57 %-
all-56018 --
溶媒の処理減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.12 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.474 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6227 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4968 Å2-0 Å2
3----1.1195 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.565→41.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 112 749 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5154910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4521452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009630
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.565-1.5920.26931370.20352530253096
1.592-1.62090.22921280.18052614261498
1.6209-1.65210.27251400.19112619261999
1.6521-1.68590.23131500.170726012601100
1.6859-1.72250.21451520.152626092609100
1.7225-1.76260.20191370.136126342634100
1.7626-1.80670.19351410.132926532653100
1.8067-1.85550.18681350.128426412641100
1.8555-1.91010.19331260.124926602660100
1.9101-1.97180.20031350.131426582658100
1.9718-2.04220.19661610.136226642664100
2.0422-2.1240.16851410.13826482648100
2.124-2.22070.18561290.140726472647100
2.2207-2.33770.17381740.125926522652100
2.3377-2.48420.18521290.127926792679100
2.4842-2.67590.17121380.141926942694100
2.6759-2.94520.17611370.146126702670100
2.9452-3.37120.18531280.148727332733100
3.3712-4.24670.16711560.141827172717100
4.2467-41.80060.19271700.182128492849100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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