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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sq8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Yeast Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1 H432R Mutant (SCAN1 Mutant) | ||||||
要素 | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phosphodiesterase / DNA Binding / NUCLEAR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / mitochondrion / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Gajewski, S. / White, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Analysis of the active-site mechanism of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I: a member of the phospholipase D superfamily. 著者: Gajewski, S. / Comeaux, E.Q. / Jafari, N. / Bharatham, N. / Bashford, D. / White, S.W. / van Waardenburg, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sq8.cif.gz | 697.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sq8.ent.gz | 580.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sq8_validation.pdf.gz | 467.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sq8_full_validation.pdf.gz | 490.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sq8_validation.xml.gz | 63.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sq8_validation.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54150.043 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 79-539 / 変異: H432R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TDP1, YBR223C, YBR1520 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: P38319, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.8 詳細: 24% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.2M magnesium formate, 5mM TCEP, 2% Hexanediol-1,6, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 98077 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 74.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q32 解像度: 2.1→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 11.253 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.79 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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