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- PDB-3sq7: Crystal Structure Analysis of the Yeast Tyrosyl-DNA Phosphodieste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sq7
タイトルCrystal Structure Analysis of the Yeast Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase H432N_Glu Mutant
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE / Phosphodiesterase / DNA Binding / NUCLEAR
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gajewski, S. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Analysis of the active-site mechanism of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I: a member of the phospholipase D superfamily.
著者: Gajewski, S. / Comeaux, E.Q. / Jafari, N. / Bharatham, N. / Bashford, D. / White, S.W. / van Waardenburg, R.C.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
D: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,74811
ポリマ－216,0764
非ポリマー6727
水13,403744
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4035
ポリマ－54,0191
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1152
ポリマ－54,0191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0191
ポリマ－54,0191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2113
ポリマ－54,0191
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
D: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6148
ポリマ－108,0382
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area34020 Å2
手法PISA
6
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子

C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1343
ポリマ－108,0382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.350, 82.190, 99.290
Angle α, β, γ (deg.)86.79, 85.57, 66.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 79 - 543 / Label seq-ID: 2 - 466

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1


分子量: 54018.945 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 79-539 / 変異: H432N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TDP1, YBR223C, YBR1520 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P38319, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.8
詳細: 17% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.2M magnesium sulfate, 5mM TCEP, 5% Hexanediol-1,6, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 119602 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 81.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
DPSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q32

1q32


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.821 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 6070 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 115913 97.2 %-
all-115913 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å20.86 Å2-0.05 Å2
2---0.05 Å20.36 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13884 0 35 744 14663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02214336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9581.95919423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8351710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76923.786626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.001152524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.221563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.22164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9881.58611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.465214026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8735725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3044.55386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.405314332
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1674tight positional0.070.05
2B1674tight positional0.080.05
3C1674tight positional0.070.05
4D1674tight positional0.060.05
1A1727medium positional0.090.5
2B1727medium positional0.110.5
3C1727medium positional0.090.5
4D1727medium positional0.080.5
1A1674tight thermal0.30.5
2B1674tight thermal0.330.5
3C1674tight thermal0.250.5
4D1674tight thermal0.230.5
1A1727medium thermal0.312
2B1727medium thermal0.322
3C1727medium thermal0.282
4D1727medium thermal0.242
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 458 -
Rwork0.188 8435 -
obs--95.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80010.04310.2770.3322-0.16470.2064-0.0095-0.02490.01580.003-0.008-0.0008-0.0302-0.00950.01750.08460.00740.0230.08730.01930.071710.638-32.484-5.204
20.4907-0.3575-0.21560.79610.29570.1622-0.01160.05070.01160.04910.0356-0.0166-0.0108-0.0366-0.0240.1058-0.01040.00160.0972-0.0210.09122.944-67.326-33.319
30.5849-0.0924-0.28330.6937-0.00280.23730.1299-0.0263-0.0535-0.1053-0.10690.08940.04090.0572-0.02310.13860.0396-0.07150.0713-0.04260.09052.971-24.387-54.52
40.7898-0.25350.27270.7029-0.42570.2910.08260.1687-0.06890.0447-0.02450.05950.02350.0241-0.05810.1370.0113-0.00440.12420.02140.057824.834-63.71616.252
50.17870.24930.28930.39620.48960.78810.01850.1822-0.03170.18450.3468-0.09030.14170.6302-0.36530.29590.26870.04260.6396-0.25990.251717.904-40.592-8.613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 543
2X-RAY DIFFRACTION2B79 - 545
3X-RAY DIFFRACTION3C79 - 544
4X-RAY DIFFRACTION4D79 - 545
5X-RAY DIFFRACTION5A2 - 7
6X-RAY DIFFRACTION5B5
7X-RAY DIFFRACTION5D1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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