PDB-3spu: apo NDM-1 Crystal Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3spu

タイトル

apo NDM-1 Crystal Structure

要素

Beta-lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE / alpha beta/beta alpha sandwich / beta lactam antibiotics / periplasmic space

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Strynadka, N.C.J. / King, D.T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of New Delhi metallo-beta-lactamase reveals molecular basis for antibiotic resistance
著者: King, D. / Strynadka, N.

履歴

登録	2011年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年10月30日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3spu.cif.gz	235.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3spu.ent.gz	186.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3spu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3spu_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3spu_full_validation.pdf.gz	503.8 KB	表示
XML形式データ	3spu_validation.xml.gz	49.4 KB	表示
CIF形式データ	3spu_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/3spu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/3spu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2whgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eoi-d 2iw6-d 4fx3-d 1oiy-d 1h1q-d 2wih-d 2c5v-d 2uue-d 1fvv-d 1vyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase NDM-1

B: Beta-lactamase NDM-1

C: Beta-lactamase NDM-1

D: Beta-lactamase NDM-1

E: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

142 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase NDM-1

C: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase NDM-1

D: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.536, 73.904, 77.407
Angle α, β, γ (deg.)	70.320, 75.860, 65.300
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
3	1	B
4	1	D
5	1	E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	THR	THR	C	C	45 - 62	19 - 36
2	1	ARG	ARG	THR	THR	A	A	45 - 62	19 - 36
3	1	ARG	ARG	THR	THR	B	B	45 - 62	19 - 36
4	1	ARG	ARG	THR	THR	D	D	45 - 62	19 - 36
5	1	ARG	ARG	THR	THR	E	E	45 - 62	19 - 36
1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	71 - 209	45 - 183
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	71 - 209	45 - 183
3	2	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	71 - 209	45 - 183
4	2	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	71 - 209	45 - 183
5	2	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	71 - 209	45 - 183
1	3	ASP	ASP	ASP	ASP	C	C	225 - 267	199 - 241
2	3	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	225 - 267	199 - 241
3	3	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	225 - 267	199 - 241
4	3	ASP	ASP	ASP	ASP	D	D	225 - 267	199 - 241
5	3	ASP	ASP	ASP	ASP	E	E	225 - 267	199 - 241

#1: タンパク質	Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 28231.799 Da / 分子数: 5 / 断片: unp residues 27-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: .1M lithium sulfate, .63M ammonium sulfate, .05M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月27日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.21 Å / Num. all: 73129 / Num. obs: 70204 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 89.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WHG

2whg

解像度: 2.1→43.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2533	3563	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2161	-	-	-
all	0.242	73129	-	-
obs	0.218	70203	96.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.9 Å² / B_iso mean: 28.4509 Å² / B_iso min: 9.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	-1.18 Å²	-1.13 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0.39 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8632	0	10	488	9130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	8835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.737	1.93	12035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.447	3	13887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.445	5	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.441	24.483	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.399	15	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.417	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.938	1.5	5746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.842	2	9145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.851	3	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.924	4.5	2890

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2440 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	C	TIGHT POSITIONAL	0.22	0.05
2	A	TIGHT POSITIONAL	0.22	0.05
3	B	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.05
5	E	TIGHT POSITIONAL	0.25	0.05
1	C	TIGHT THERMAL	0.23	0.5
2	A	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
3	B	TIGHT THERMAL	0.21	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.23	0.5
5	E	TIGHT THERMAL	0.38	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	242	-
R_work	0.301	4244	-
all	-	4486	-
obs	-	-	82.95 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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