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万見
- PDB-3snv: Crystal structure of Symfoil-4T Permutation #1: de novo designed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3snv
タイトルCrystal structure of Symfoil-4T Permutation #1: de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure
要素Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-trefoil
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Blaber, M. / Longo, L. / Lee, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Folding pathway redundancy in symmetric protein architecture
著者: Longo, L. / Lee, J. / Blaber, M.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein
B: Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,00212
ポリマ－31,9892
非ポリマー1,01310
水1,29772
1
A: Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5016
ポリマ－15,9941
非ポリマー5065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5016
ポリマ－15,9941
非ポリマー5065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.667, 56.667, 81.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Symfoil-4T/Permutation #1 synthetic protein


分子量: 15994.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A CIRCULAR PERMUTATION OF THE SYMFOIL-4T PROTEIN (PDB ACCESSION 3O4B). IN THIS PERMUTATION ...THIS IS A CIRCULAR PERMUTATION OF THE SYMFOIL-4T PROTEIN (PDB ACCESSION 3O4B). IN THIS PERMUTATION THE NEW N-TERMINAL IS RESIDUE NUMBER THR19 (AFTER AN N-TERMINAL HIS-TAGGED LEADER SEQUENCE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日 / 詳細: Osmic confocal
放射モノクロメーター: Osmic confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 13099 / Num. obs: 12051 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / Num. unique all: 636 / % possible all: 57.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3O4B

3o4b


解像度: 2.2→23.226 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7957 / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 585 4.9 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2017 11928 91.28 %-
all-13099 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.747 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.08 Å2 / Biso mean: 40.2462 Å2 / Biso min: 15.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9857 Å2-0 Å20 Å2
2---4.9857 Å2-0 Å2
3---9.9714 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 56 72 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5712722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.833754
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.42150.31321070.25982153226069
2.4215-2.77140.34971590.24112968312796
2.7714-3.48970.27711580.214230973255100
3.4897-23.2270.21091610.167431253286100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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