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- PDB-3sn0: Crystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sn0
タイトルCrystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase from Burkholderia xenovorans strain LB400 bound to magnesium and fumarate
要素putative L-alanine-DL-glutamate epimerase
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily ...Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Wu, B. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase from Burkholderia xenovorans strain LB400 bound to magnesium and fumarate
著者: Bonanno, J.B. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Wu, B. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative L-alanine-DL-glutamate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4535
ポリマ－46,2411
非ポリマー2114
水5,332296
1
A: putative L-alanine-DL-glutamate epimerase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,62140
ポリマ－369,9318
非ポリマー1,69032
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area44320 Å2
ΔGint-430 kcal/mol
Surface area83930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.750, 104.750, 144.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 putative L-alanine-DL-glutamate epimerase


分子量: 46241.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_B1104, Bxe_B1897 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13PB7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: 100mM sodium acetate pH 4.8, 2.4M sodium formate; pH adjusted to 7.0; soaked with 100mM MgCl2 and 100mM fumarate, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月8日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 37586 / Num. obs: 37398 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.8-1.8315.40.5584.618620.5580.605100
1.83-1.8615.70.48418450.633100
1.86-1.915.70.47118560.821100
1.9-1.9415.60.48818491.229100
1.94-1.9815.80.35918460.858100
1.98-2.0315.80.29918600.859100
2.03-2.0815.60.32318561.3599.9
2.08-2.1315.90.2418460.969100
2.13-2.215.90.21418590.996100
2.2-2.2715.80.24318751.464100
2.27-2.35160.1818611.025100
2.35-2.4416.10.16418650.99399.9
2.44-2.5515.90.14818810.968100
2.55-2.69160.14118691.05999.9
2.69-2.8615.90.1218710.8899.8
2.86-3.0815.80.10518930.79199.5
3.08-3.3915.40.09618660.74199
3.39-3.8814.60.08618760.70997.6
3.88-4.8814.10.06418410.44795.2
4.88-50150.04220210.21598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3GO2

3go2


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1693 / WRfactor Rwork: 0.1471 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9053 / SU B: 3.754 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.1055 / SU Rfree: 0.0945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 1164 3.1 %RANDOM
Rwork0.1429 ---
obs0.1435 37211 99 %-
all-37586 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.08 Å2 / Biso mean: 18.4829 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3173 0 11 296 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.9474609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87135576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7375428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22923.69168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05215536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8241525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5871.52045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1611.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.123317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87131325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0014.51279
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 80 -
Rwork0.19 2600 -
all-2680 -
obs-2600 97.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.0896 Å / Origin y: 42.9128 Å / Origin z: 15.2201 Å
111213212223313233
T0.0042 Å2-0.0006 Å20.0035 Å2-0.0112 Å20.0088 Å2--0.02 Å2
L0.1959 °20.0973 °20.0048 °2-0.1386 °20.0243 °2--0.1518 °2
S0.0151 Å °-0.0049 Å °-0.0099 Å °0.0118 Å °-0.0044 Å °0.0287 Å °-0.0106 Å °-0.01 Å °-0.0107 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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