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万見
- PDB-3skl: Crystal structure of the 2'- deoxyguanosine riboswitch bound to 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3skl
タイトルCrystal structure of the 2'- deoxyguanosine riboswitch bound to 2'-deoxyguanosine, iridium hexammine soak
要素RNA (66-MER)
キーワードRNA / three way junction / riboswitch / deoxyguanosine
機能・相同性2'-DEOXY-GUANOSINE / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural principles of nucleoside selectivity in a 2'-deoxyguanosine riboswitch.
著者: Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (66-MER)
B: RNA (66-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,36120
ポリマ－42,7372
非ポリマー3,62418
水905
1
A: RNA (66-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1328
ポリマ－21,3681
非ポリマー1,7647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (66-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,22912
ポリマ－21,3681
非ポリマー1,86111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.002, 34.955, 111.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-206-

MG

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要素

#1: RNA鎖 RNA (66-MER)


分子量: 21368.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dG riboswitch
#2: 化合物 ChemComp-GNG / 2'-DEOXY-GUANOSINE


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M Na-HEPES, pH 7.5, ~40 % (v/v) pentaerythritol propoxylate, 0.2 M potassium chloride and 0.0-2.0 mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1052 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 8590 / Num. obs: 8487 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Num. unique all: 764 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26371 405 4.7 %RANDOM
Rwork0.21863 ---
obs0.22079 8178 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2826 114 5 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.00835124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.21255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.280.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.299
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.24
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 22 -
Rwork0.306 551 -
obs--96.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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