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万見
- PDB-3skf: Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3skf
タイトルCrystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) complex with (2S)-2-((3S)-3-(acetylamino)-3-(butan-2-yl)-2-oxopyrrolidin-1-yl)-N-((2S,3R)-3-hydroxy-4-((3-methoxybenzyl)amino)-1-phenylbutan-2-yl)-4-phenylbutanamide
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / BACE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-PB7 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
著者: Thompson, L.A. / Shi, J. / Decicco, C.P. / Tebben, A.J. / Olson, R.E. / Boy, K.M. / Guernon, J.M. / Good, A.C. / Liauw, A. / Zheng, C. / Copeland, R.A. / Combs, A.P. / Trainor, G.L. / Camac, ...著者: Thompson, L.A. / Shi, J. / Decicco, C.P. / Tebben, A.J. / Olson, R.E. / Boy, K.M. / Guernon, J.M. / Good, A.C. / Liauw, A. / Zheng, C. / Copeland, R.A. / Combs, A.P. / Trainor, G.L. / Camac, D.M. / Muckelbauer, J.K. / Lentz, K.A. / Grace, J.E. / Burton, C.R. / Toyn, J.H. / Barten, D.M. / Marcinkeviciene, J. / Meredith, J.E. / Albright, C.F. / Macor, J.E.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22011年11月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9806
ポリマ－100,4412
非ポリマー1,5394
水3,387188
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9903
ポリマ－50,2201
非ポリマー7702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9903
ポリマ－50,2201
非ポリマー7702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.288, 130.264, 85.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A-5 - 385
2112B-5 - 385
1121A394
2121B394

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 50220.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-PB7 / (2S)-2-{(3S)-3-(acetylamino)-3-[(2S)-butan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-1-yl}-N-{(2S,3R)-3-hydroxy-4-[(3-methoxybenzyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}-4-phenylbutanamide


分子量: 642.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H50N4O5
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.541
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月4日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.06 Å / Num. obs: 20761 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3-3.117.220570.8681100
3.11-3.237.320200.8711000.713
3.23-3.387.320430.89211000.52
3.38-3.567.320480.92311000.388
3.56-3.787.320471.17411000.277
3.78-4.077.320680.96811000.223
4.07-4.487.220631.40111000.195
4.48-5.137.220820.9811000.137
5.13-6.467.121180.88111000.152
6.46-506.722150.935199.10.076

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→34.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.484 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3133 1064 5.1 %RANDOM
Rwork0.2523 ---
obs0.2555 20703 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 294.29 Å2 / Biso mean: 31.7743 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.07 Å20 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6077 0 96 188 6361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9628623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.74223.916286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.10215997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2751534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.23036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2011.53859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41326206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72532788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2684.52417
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11548TIGHT POSITIONAL0.050.05
11489MEDIUM POSITIONAL0.150.5
11548TIGHT THERMAL0.040.5
11489MEDIUM THERMAL0.272
294TIGHT POSITIONAL0.05
294TIGHT THERMAL0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.004→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 72 -
Rwork0.343 1355 -
all-1427 -
obs--95.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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