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- PDB-3shi: Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shi
タイトルCrystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution
要素Interstitial collagenase
キーワードHYDROLASE / matrix metalloproteinase / paramagnetic restraints / paramagnetic tag / lanthanides / protein refinement / residual dipolar couplings
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / peptidase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interstitial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bertini, I. / Calderone, V. / Cerofolini, L. / Fragai, M. / Geraldes, C.F.G.C. / Hermann, P. / Luchinat, C. / Parigi, G. / Teixeira, J.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: The catalytic domain of MMP-1 studied through tagged lanthanides.
著者: Bertini, I. / Calderone, V. / Cerofolini, L. / Fragai, M. / Geraldes, C.F. / Hermann, P. / Luchinat, C. / Parigi, G. / Teixeira, J.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal structures of recombinant 19-kDa human fibroblast collagenase complexed to itself.
著者: Lovejoy, B. / Hassell, A.M. / Luther, M.A. / Weigl, D. / Jordan, S.R.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1994
タイトル: 1.56 A structure of mature truncated human fibroblast collagenase.
著者: Spurlino, J.C. / Smallwood, A.M. / Carlton, D.D. / Banks, T.M. / Vavra, K.J. / Johnson, J.S. / Cook, E.R. / Falvo, J. / Wahl, R.C. / Pulvino, T.A.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of MMP-1 and -13 reveal the structural basis for selectivity of collagenase inhibitors.
著者: Lovejoy, B. / Welch, A.R. / Carr, S. / Luong, C. / Broka, C. / Hendricks, R.T. / Campbell, J.A. / Walker, K.A. / Martin, R. / Van Wart, H. / Browner, M.F.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interstitial collagenase
G: Interstitial collagenase
M: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,12718
ポリマ－52,3743
非ポリマー75315
水5,423301
1
A: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7096
ポリマ－17,4581
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
G: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7096
ポリマ－17,4581
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
M: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7096
ポリマ－17,4581
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.694, 54.528, 94.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

HOH

21G-21-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interstitial collagenase / MMP-1 / Matrix metalloproteinase-1 / 22 kDa interstitial collagenase / Fibroblast collagenase


分子量: 17457.984 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 106-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP1, CLG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03956, interstitial collagenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5406
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→81.65 Å / Num. all: 32923 / Num. obs: 32923 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 966C

966c


解像度: 2.2→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27814 2988 9.1 %RANDOM
Rwork0.20898 ---
all0.21528 29931 --
obs0.21528 29931 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-1.05 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 15 301 4024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0213831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0211.9185217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8815465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02723.973219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32515549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0561527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 223 -
Rwork0.282 2212 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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