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万見
- PDB-3shd: Crystal structure of Nudix hydrolase Orf153, ymfB, from Escherich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shd
タイトルCrystal structure of Nudix hydrolase Orf153, ymfB, from Escherichia coli K-1
要素Phosphatase nudJ
キーワードHYDROLASE / Nudix fold / Nudix motif / (d)NDP/(d)NTP binding / dephosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphate phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphatase NudJ / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Phosphatase NudJ / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphatase NudJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hong, M.K. / Kim, J.K. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (YmfB) from Escherichia coli
著者: Hong, M.K.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatase nudJ
B: Phosphatase nudJ
C: Phosphatase nudJ
D: Phosphatase nudJ
E: Phosphatase nudJ
F: Phosphatase nudJ
G: Phosphatase nudJ
H: Phosphatase nudJ
I: Phosphatase nudJ
J: Phosphatase nudJ
K: Phosphatase nudJ
L: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,18772
ポリマ－209,41012
非ポリマー4,77760
水5,134285
1
A: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8496
ポリマ－17,4511
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
A: Phosphatase nudJ
I: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
14
B: Phosphatase nudJ
L: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
15
C: Phosphatase nudJ
G: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
16
D: Phosphatase nudJ
E: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
17
F: Phosphatase nudJ
K: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
18
H: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子

J: Phosphatase nudJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69812
ポリマ－34,9022
非ポリマー79610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z+1/41
Buried area5390 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.126, 111.126, 247.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatase nudJ


分子量: 17450.854 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O1:K1 / APEC / 遺伝子: nudJ, Ecok1_10240, APECO1_216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A1AA28, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M MES buffer pH 6.0, 100mM MnCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 182291 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→50 Å / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 11.797 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29147 4943 5 %RANDOM
Rwork0.22638 ---
obs0.22967 93734 95.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14496 0 204 285 14985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02215060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.94320532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62551788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49824.355744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.737152412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2931584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.22184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.59036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.551214652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99236024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2894.55880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 346 -
Rwork0.312 6491 -
obs--90.42 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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