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万見
- PDB-3sf8: Structural insights into thiol stabilization of DJ-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sf8
タイトルStructural insights into thiol stabilization of DJ-1
要素(Protein DJ-1) x 2
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / UNKNOWN FUNCTION / oxidative stress (酸化ストレス) / redox regulation / cysteine oxidation / protecting DJ-1 oxidation / reduced DJ-1 / class I glutamine amidotransferase family / cytoprotective activity against oxidative stress / Cysteine sulfenic acid modification / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / glutathione deglycation / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / glutathione deglycation / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of pyrroline-5-carboxylate reductase activity / positive regulation of tyrosine 3-monooxygenase activity / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / positive regulation of L-dopa decarboxylase activity / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of ubiquitin-specific protease activity / protein deglycation, glyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / glyoxal metabolic process / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / detection of oxidative stress / glycolate biosynthetic process / guanine deglycation / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / detoxification of mercury ion / protein deglycase / methylglyoxal metabolic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mercury ion binding / protein deglycase activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lactate biosynthetic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular detoxification of aldehyde / positive regulation of superoxide dismutase activity / small protein activating enzyme binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / peroxiredoxin activity / detoxification of copper ion / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of androgen receptor activity / membrane hyperpolarization / protein deglycosylation / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cupric ion binding / oxygen sensor activity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / insulin secretion / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / nuclear androgen receptor binding / hydrogen peroxide metabolic process / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / cuprous ion binding / 脱分極 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of protein ubiquitination / activation of protein kinase B activity / mitochondrion organization / adult locomotory behavior / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein binding / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / 接着結合 / Late endosomal microautophagy / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / ミトコンドリア / PML body / オートファジー / kinase binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Premkumar, L. / Dobaczewska, M.K. / Riedl, S.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Identification of an artificial peptide motif that binds and stabilizes reduced human DJ-1.
著者: Premkumar, L. / Dobaczewska, M.K. / Riedl, S.J.
履歴
登録2011年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DJ-1
B: Protein DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3352
ポリマ－40,3352
非ポリマー00
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.880, 41.831, 63.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20175.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Protein DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20159.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 45% (v/v) polyproylene glycol 400, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月3日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→20 Å / Num. obs: 47218 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.53→1.61 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PDV

1pdv


解像度: 1.56→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.058 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2318 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 42954 94.3 %-
all-45524 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0 Å2-0.73 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 0 341 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9993964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.1855.049408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.73825.514107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78615545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0191515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8881.51922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19423092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4183998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0414.5859
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.58832920
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 154 -
Rwork0.25 2980 -
obs--89.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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