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- PDB-3seo: Crystal structure of VopL C terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3seo
タイトルCrystal structure of VopL C terminal domain
要素VopL C terminal domain protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


actin binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #170 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1210 / : / : / VopL C-terminal dimerization domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / WH2 domain / WH2 domain profile. ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #170 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1210 / : / : / VopL C-terminal dimerization domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / WH2 domain / WH2 domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
WH2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.305 Å
データ登録者Yu, B. / Rosen, M.K. / Tomchick, D.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of actin filament nucleation by the bacterial effector VopL.
著者: Yu, B. / Cheng, H.C. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Rosen, M.K.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VopL C terminal domain protein
B: VopL C terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,97911
ポリマ－53,6602
非ポリマー3199
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.180, 89.851, 103.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 VopL C terminal domain protein


分子量: 26830.148 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 247-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VopL, VPA1370 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GE5
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG1500, 100mM Tris pH=7.5, 100mM NaCl, 2mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月17日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23092 / Num. obs: 23092 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.344.80.78511511.1199.7
2.34-2.385.10.7311351.029199.8
2.38-2.435.30.57311321.0311100
2.43-2.485.40.511331.0441100
2.48-2.535.40.41511531.0831100
2.53-2.595.40.31111351.0311100
2.59-2.665.40.26111571.0231100
2.66-2.735.40.2111590.9951100
2.73-2.815.40.14311341.0121100
2.81-2.95.40.11511740.9781100
2.9-35.40.0911391.0911100
3-3.125.40.06711541.1031100
3.12-3.265.40.05111531.1041100
3.26-3.445.30.03711791.102199.9
3.44-3.655.40.03111580.991100
3.65-3.935.30.0311731.134199.9
3.93-4.335.20.03311691.062199.8
4.33-4.955.10.03111901.0471100
4.95-6.244.90.02612141.054199.7
6.24-504.60.02611000.997185.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.305→29.153 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8057 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 1954 8.48 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
all0.2254 23040 --
obs0.2254 23040 99.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.745 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.74 Å2 / Biso mean: 88.6785 Å2 / Biso min: 34.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0994 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.9469 Å20 Å2
3----1.1525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.305→29.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3501 0 9 36 3546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5644789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.691325
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3049-2.38720.33481910.27622060225199
2.3872-2.48280.33011920.275320752267100
2.4828-2.59570.31621940.255320932287100
2.5957-2.73240.34071960.266821122308100
2.7324-2.90350.33951960.253321212317100
2.9035-3.12740.31261940.24520932287100
3.1274-3.44170.26791980.224121322330100
3.4417-3.93870.27741970.204921332330100
3.9387-4.95840.24722000.19521532353100
4.9584-29.15490.25491960.21962114231093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5684-0.7309-1.53910.04450.21773.67480.26960.03660.7118-0.40040.0034-0.1348-0.29960.0272-0.17440.9874-0.0031-0.10960.3737-0.00120.43898.606639.176915.0529
22.03741.07732.16892.53150.1358.30230.3193-0.32510.27440.77360.844-0.3141-2.0911-0.537-0.22760.6001-0.0436-0.14020.4769-0.09270.5919.676636.989724.6369
36.9512-0.21823.91841.5796-1.40034.94891.12031.96810.3371-2.1534-0.00961.15551.46420.5746-0.77491.13240.075-0.32840.90450.00330.703932.377826.100647.8478
45.38032.70441.37013.43571.9062.6793-0.30180.32490.7541-0.28581.93971.30332.24815.4912-0.96920.78370.6296-0.45042.1762-0.30910.671233.42934.200548.2935
56.7015-0.27511.25711.88240.45823.42050.9121-1.8374-1.37050.4627-0.28210.16141.8419-0.0455-0.34071.1565-0.055-0.30220.80820.23480.935922.288229.549959.1187
61.05540.6316-0.458-0.2113-0.18063.2892-0.1526-0.1835-0.29170.08780.5529-0.18550.52620.6147-0.28070.51470.2499-0.2710.67820.01650.632124.09734.406344.3223
72.97032.44780.33532.3127-0.19220.77690.1374-0.8003-0.20250.2512-0.1351-0.01820.055-0.42130.04270.5150.0729-0.07530.4828-0.04230.43977.959925.364923.3758
8-0.60511.14410.54552.2081.71133.5431-0.15210.3153-0.0081-0.18650.2973-0.4842-0.22880.461-0.14820.479-0.04240.00310.4654-0.06410.487715.517724.39239.3764
94.17744.07951.00919.88040.96421.3944-0.16820.002-1.03520.94740.7667-1.5639-0.10530.1994-0.37850.7082-0.004-0.07260.66010.230.6755-4.5589-2.382717.5981
102.52970.4493-2.7964.1915-0.46732.7712-0.07230.9207-0.5746-0.33350.15560.8744-0.2967-0.766-0.27070.35880.0198-0.08810.55380.25080.622-21.52472.210716.1778
111.7311-0.1523-3.26161.53992.0186.65570.88590.32340.4516-0.0696-0.67830.0525-0.7238-2.0398-0.48540.59160.22910.19830.80630.38951.0067-37.42534.905731.8431
120.8512-0.34860.27954.15670.90290.7765-1.0218-0.0248-0.19010.26011.5369-1.15180.89081.0242-0.40690.9231-0.2701-0.0340.8189-0.07870.4943-30.53333.309943.1305
135.04051.7744-2.33810.4144-0.92881.94020.49420.2940.53710.06590.12130.2270.17080.3271-0.42930.38120.1044-0.03950.5570.19590.7225-28.91161.523427.9711
143.67652.3-1.29754.54020.10021.4114-0.0666-0.48450.40050.4950.13240.2243-0.0941-0.286-0.19950.4177-0.0356-0.04830.50570.13320.4098-9.85812.254116.861
151.41690.0502-0.35550.8619-0.31520.73-0.39240.11350.7233-0.44510.7560.7871-0.0887-0.8342-0.380.518-0.1598-0.19070.63990.28510.6254-15.343312.64625.4049
162.12681.7827-2.9431.7677-1.76443.807-0.06120.0721-0.2192-0.23420.34230.1546-0.122-0.2993-0.24970.4776-0.03740.02070.3781-0.07190.41043.10889.55813.0524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:19)A3 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 20:41)A20 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 42:56)A42 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 57:72)A57 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 73:118)A73 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 119:159)A119 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 160:185)A160 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 186:240)A186 - 240
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 2:12)B2 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 13:57)B13 - 57
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 58:107)B58 - 107
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 108:118)B108 - 118
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 119:152)B119 - 152
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 153:182)B153 - 182
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 183:196)B183 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 197:241)B197 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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