PDB-3sdv: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sdv

タイトル

Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production

要素

Alpha-bisabolene synthase

キーワード

LYASE / Terpene Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-bisabolene synthase / alpha-bisabolene synthase activity / gibberellin biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Abies grandis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production.
著者: McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sdv.cif.gz	332.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sdv.ent.gz	270.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sdv_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sdv_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	3sdv_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	3sdv_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3saeC 3sdqC 3sdrC 3sdtC 3sduC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sdr-d 3sdq-d 3sdt-d 3sae-d 3s9v-2 6ojr-d 6n8p-d 3sdu-d 1xed-d 5oge-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-bisabolene synthase

ヘテロ分子

94.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.771, 55.002, 127.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-bisabolene synthase / (E)-alpha-bisabolene synthase / AgfEabis 分子量: 93855.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abies grandis (植物) / 遺伝子: ag1 / プラスミド: PSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O81086, alpha-bisabolene synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-911 / (1-hydroxyethane-1,1-diyl)bis(phosphonic acid) / Etidronic acid / エチドロナ-ト分子量: 206.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₈O₇P₂ / コメント: 薬剤, 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 MM TRIS, 100 MM NACL, AND 23% (W/V) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月28日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 49042 / Num. obs: 46965 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / R_sym value: 0.539 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_778) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 2.2→42.355 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2123	2000	4.26 %	Random
R_work	0.1767	-	-	-
obs	0.1783	46940	94.76 %	-
all	-	49042	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.975 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.8573 Å²	0 Å²	4.0764 Å²
2-	-	16.0629 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.2056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6311	0	15	328	6654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	8830
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.73	2424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1839-2.2385	0.2843	93	0.241	2103	X-RAY DIFFRACTION	63
2.2385-2.2991	0.2782	120	0.2255	2697	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2991-2.3667	0.2934	134	0.2204	2996	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3667-2.4431	0.285	141	0.2192	3181	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4431-2.5304	0.2507	150	0.2132	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5304-2.6317	0.2966	150	0.1961	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6317-2.7515	0.2224	150	0.1913	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7515-2.8965	0.2327	151	0.2014	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8965-3.0779	0.2344	148	0.1961	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0779-3.3155	0.2405	152	0.1951	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3155-3.649	0.2177	151	0.1795	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.649-4.1766	0.1902	150	0.1489	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1766-5.2605	0.1678	153	0.1336	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2605-42.363	0.1589	157	0.161	3520	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0517	-0.0226	4.2649	1.7109	-0.5416	6.0139	0.0641	0.6543	-0.1942	-0.1557	-0.0021	-0.2759	0.0009	0.8601	-0.0365	0.2582	-0.0491	0.048	0.3028	-0.0632	0.2665	96.7159	25.0694	10.7163
2	3.1068	-0.6299	0.7146	1.7295	-0.0816	2.3525	-0.04	0.2306	-0.3259	-0.1387	0.0268	0.0559	0.5248	-0.2596	-0.0198	0.4063	-0.12	0.0234	0.183	-0.0795	0.245	57.911	3.4154	9.3697
3	7.7252	-7.0151	-2.8386	7.393	1.5939	2.6133	-0.3898	-0.7555	-0.396	0.5	0.5001	0.4388	0.3334	0.0514	-0.1085	0.4194	-0.162	0.0119	0.4985	0.0517	0.2945	51.1478	2.6376	27.0368
4	6.3097	-0.2397	-1.6507	1.9274	-0.0596	5.0789	0.0931	-0.0164	0.2469	-0.0201	-0.067	0.2362	0.1122	-0.5536	-0.0119	0.1996	-0.0744	-0.0172	0.2448	-0.0238	0.2044	50.7153	19.5268	14.0169
5	4.9981	-0.048	-0.7613	2.3757	1.0029	3.4209	-0.0967	-0.3982	0.2369	0.0358	-0.0034	0.3605	-0.0123	-0.1928	0.0907	0.1782	0.0134	0.0039	0.1321	-0.0405	0.2311	71.5383	29.9491	23.1333
6	1.9809	0.5566	-0.1079	8.517	3.2105	3.1664	0.0946	-0.4103	-0.0498	0.6714	-0.2413	0.2924	0.4154	-0.0639	0.1562	0.285	-0.0599	0.0055	0.2698	0.0145	0.1964	73.3437	16.2584	33.511
7	2.0087	0.646	0.5874	0.5675	0.3504	0.8852	0.1082	-0.2716	-0.1874	0.0575	-0.0475	-0.1627	0.1127	0.2399	-0.0809	0.1907	0.0098	0.0083	0.3099	0.0051	0.2112	99.7161	26.131	28.3364
8	1.5906	-0.3023	0.2378	0.433	0.0419	1.1471	0.0024	-0.7197	0.434	0.1974	-0.0169	-0.1067	-0.2091	0.2925	0.0603	0.2215	-0.1311	0.0101	0.6133	-0.1509	0.2303	107.1008	44.9557	41.7477
9	2.4495	0.1138	-1.6378	0.7131	0.3455	6.3578	-0.1483	-1.0473	-0.4242	0.3356	-0.0368	0.038	0.246	0.0256	0.1822	0.2364	-0.119	0.0697	0.5852	0.0179	0.3017	90.5274	32.2512	50.4286
10	3.6218	-1.2707	-1.061	4.6613	1.3452	4.7852	-0.1392	-0.7351	-0.5828	0.7235	0.0024	0.0694	0.5806	0.3251	0.1322	0.2109	-0.0516	-0.0225	0.4272	0.0602	0.3553	96.9889	24.9224	33.5177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 36:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:195)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 196:223)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 224:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 294:382)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 383:445)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 446:580)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 581:702)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 703:770)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 771:817)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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