PDB-3sdu: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sdu

タイトル

Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production

要素

Alpha-bisabolene synthase

キーワード

LYASE / Terpene synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-bisabolene synthase / alpha-bisabolene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Abies grandis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production.
著者: McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sdu.cif.gz	343.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sdu.ent.gz	277.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sdu_validation.pdf.gz	792.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sdu_full_validation.pdf.gz	799.2 KB	表示
XML形式データ	3sdu_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	3sdu_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3saeC 3sdqC 3sdrC 3sdtC 3sdvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sdt-d 3sae-d 3p5p-d 3p5r-1 3sdr-d 3sdq-d 3p5r-2 3sdv-d 3s9v-4 2eb2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-bisabolene synthase

ヘテロ分子

94.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.327, 54.994, 126.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-bisabolene synthase / (E)-alpha-bisabolene synthase / AgfEabis 分子量: 93855.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abies grandis (植物) / 遺伝子: ag1 / プラスミド: PLASMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O81086, alpha-bisabolene synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸分子量: 330.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₆P₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 MM TRIS, 100 MM NACL, AND 23% (W/V) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 75082 / Num. obs: 74671 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / R_sym value: 0.772 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_778)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 1.89→48.339 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	2000	2.68 %	Random
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.1681	74659	98.66 %	-
all	-	75082	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.968 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9163 Å²	0 Å²	-0.1203 Å²
2-	-	7.2329 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.3166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→48.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6339	0	23	732	7094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	8918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.673	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.9342	0.3432	118	0.2785	4300	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9342-1.9865	0.2723	142	0.2201	5129	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9865-2.045	0.2482	144	0.1923	5231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.045-2.111	0.2128	143	0.173	5223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.111-2.1864	0.2059	145	0.1615	5245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1864-2.274	0.2173	143	0.1568	5198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3774	0.2319	144	0.1602	5255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3774-2.5028	0.2114	146	0.1618	5285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5028-2.6596	0.219	144	0.1629	5214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6596-2.8649	0.1956	143	0.1683	5253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8649-3.1532	0.2144	147	0.1738	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1532-3.6093	0.2072	144	0.1722	5292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6093-4.5468	0.1854	148	0.1446	5316	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5468-48.3547	0.1678	149	0.1633	5442	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.474	0.5534	3.2669	1.5725	-0.147	3.4313	-0.0524	0.4082	-0.1856	-0.0811	0.0575	-0.1771	-0.1069	0.4275	-0.0079	0.1972	-0.0238	0.0393	0.152	-0.0419	0.1514	96.2528	26.3476	10.6023
2	2.0346	-0.3946	0.2878	1.5187	-0.0574	1.4778	-0.0027	0.1594	-0.2533	-0.1146	-0.002	0.0397	0.35	-0.1374	-0.0028	0.2512	-0.0628	-0.0024	0.0901	-0.0526	0.173	57.7119	4.5724	9.2506
3	3.8578	-3.8235	-1.4001	4.5704	0.5067	1.5003	-0.2651	-0.5458	-0.2515	0.276	0.3061	0.2226	0.169	0.0996	-0.0364	0.2255	-0.0961	0.0071	0.265	0.034	0.2022	51.0134	3.9158	26.8695
4	3.5502	-0.2096	-1.0033	0.8479	0.1149	3.419	0.0536	-0.0223	0.1394	-0.0327	-0.0377	0.1113	0.0553	-0.3379	-0.0244	0.1369	-0.039	-0.004	0.1162	-0.0107	0.1533	50.5514	20.7161	13.9191
5	3.1244	0.076	-0.1762	1.7226	0.7733	1.774	-0.0484	-0.2875	0.2831	0.0369	-0.0216	0.2454	0.0052	-0.1389	0.0566	0.128	0.0119	0.0054	0.0939	-0.0379	0.1578	71.4462	31.205	22.7864
6	1.3072	0.7269	0.3801	5.6902	1.7874	1.9302	0.1552	-0.3177	-0.0325	0.5537	-0.2133	0.1746	0.3195	-0.1067	0.069	0.1985	-0.0471	0.0158	0.178	0.0043	0.1273	73.1791	17.4686	33.3725
7	1.3519	0.4644	0.145	0.4464	0.055	0.3136	0.0967	-0.2747	-0.1415	0.0496	-0.0828	-0.1213	0.049	0.1257	-0.0376	0.1056	-0.0095	0.0082	0.1895	-0.0009	0.121	99.5035	27.3335	28.1778
8	0.9402	-0.1889	-0.4117	0.3	0.1388	0.4656	0.0234	-0.5367	0.249	0.1743	-0.0096	-0.0602	-0.1636	0.2302	0.0636	0.1265	-0.0992	0.0073	0.4046	-0.1141	0.1467	106.9884	46.1721	41.4306
9	1.9091	0.5841	-1.0075	0.8788	0.1782	3.1338	0.059	-0.7588	-0.3197	0.3047	-0.1369	-0.0789	0.4232	0.1318	0.2475	0.0971	-0.0781	0.0967	0.3412	-0.0051	0.1169	91.5085	32.8396	50.6553
10	2.4377	-0.7238	-0.5938	2.926	1.0715	3.1925	-0.077	-0.4934	-0.4702	0.5471	-0.0041	0.1074	0.4494	0.1141	0.0736	0.1453	-0.041	-0.002	0.2664	0.0381	0.2473	96.7675	26.1722	33.358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 36:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:195)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 196:223)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 224:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 294:382)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 383:445)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 446:580)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 581:702)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 703:770)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 771:817)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)