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- PDB-3sdt: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sdt
タイトルStructure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production
要素Alpha-bisabolene synthase
キーワードLYASE / Terpene synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-bisabolene synthase / alpha-bisabolene synthase activity / gibberellin biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / : / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Glycosyltransferase - #160 / : / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / Alpha-bisabolene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Abies grandis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 1.89 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production.
著者: McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-bisabolene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3017
ポリマ－93,8551
非ポリマー4466
水11,656647
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.492, 54.406, 126.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-bisabolene synthase / (E)-alpha-bisabolene synthase / AgfEabis


分子量: 93855.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abies grandis (植物) / 遺伝子: ag1 / プラスミド: PSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O81086, alpha-bisabolene synthase

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非ポリマー , 5種, 653分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AHD / 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / ALENDRONATE / FOSAMAX (TM)


分子量: 245.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO7P2 / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS PH 8.5, 100 MM NACL, AND 23% (W/V) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 75165 / Num. obs: 74840 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Rsym value: 0.773 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
RESOLVEモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_778)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 1.89→38.304 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1999 2.67 %Random
Rwork0.1682 ---
obs0.1692 74803 99.09 %-
all-75165 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.834 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5995 Å20 Å20.5954 Å2
2--9.4093 Å20 Å2
3----8.8098 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→38.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6311 0 24 647 6982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.948882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3322452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8831-1.93020.37231270.284645X-RAY DIFFRACTION90
1.9302-1.98240.24651420.20875165X-RAY DIFFRACTION99
1.9824-2.04070.23231430.19175161X-RAY DIFFRACTION99
2.0407-2.10660.25481430.17495208X-RAY DIFFRACTION100
2.1066-2.18190.2241440.17835258X-RAY DIFFRACTION100
2.1819-2.26920.2051420.16755208X-RAY DIFFRACTION100
2.2692-2.37250.20461440.16345217X-RAY DIFFRACTION100
2.3725-2.49760.21241420.16545215X-RAY DIFFRACTION100
2.4976-2.6540.22291440.17185240X-RAY DIFFRACTION100
2.654-2.85890.21051450.18055275X-RAY DIFFRACTION100
2.8589-3.14650.24221440.18615225X-RAY DIFFRACTION100
3.1465-3.60150.19821440.17185285X-RAY DIFFRACTION100
3.6015-4.53630.15821460.14115301X-RAY DIFFRACTION100
4.5363-38.31170.19671490.15585401X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.86620.71234.16461.01240.00043.9038-0.11450.4729-0.096-0.06490.1201-0.1715-0.09930.4482-0.03570.2832-0.02570.04440.1802-0.05050.203596.37326.063410.6293
22.5201-0.52840.51481.5912-0.08032.13850.01650.1623-0.2331-0.1275-0.0070.03030.4763-0.2037-0.00920.3041-0.0906-0.0080.0963-0.050.175857.64014.38689.2959
34.3434-4.5013-1.05455.8644-0.25381.7804-0.3292-0.5834-0.3320.36970.42060.29670.14760.0587-0.07450.3049-0.11160.00880.29810.04590.205950.9533.842226.992
44.96680.0792-1.54431.4301-0.00844.35590.02730.02730.1148-0.0224-0.02010.19060.1304-0.502-0.0130.166-0.0446-0.01050.1688-0.0120.162850.536620.546513.8897
54.14790.3143-0.49961.75910.71182.5282-0.0407-0.27440.25490.0203-0.02880.26280.0009-0.19140.06280.16160.01850.00710.1016-0.03870.189271.388230.853822.9334
61.62860.58680.14737.63072.54062.63980.114-0.3153-0.01090.6028-0.190.26430.3681-0.07920.09080.2496-0.05910.02070.2193-0.00190.177473.147617.258533.3785
71.65120.52560.32310.50230.16850.6530.0517-0.2455-0.14120.0377-0.0301-0.10010.06150.1896-0.03920.1460.01050.01150.21480.00170.148299.519627.085228.2345
81.5339-0.4656-0.00720.66440.16050.9041-0.0074-0.67570.44320.15910.0199-0.0177-0.17860.17380.02640.156-0.0880.00610.4539-0.12520.1685107.012145.946141.4394
92.2118-0.0827-0.63240.68080.49783.50550.208-1.1536-0.5520.4633-0.14580.04050.519-0.08070.14410.0839-0.08720.17250.55520.00640.098890.434433.127450.0573
102.5732-0.5011-0.74712.2621.3813.6775-0.0782-0.5153-0.47020.5595-0.06520.07830.5180.18540.1250.1574-0.0387-0.01230.27540.03890.260496.754425.884933.3966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 36:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 74:195)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 196:223)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 224:293)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 294:382)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 383:445)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 446:580)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 581:702)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 703:770)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 771:817)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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