PDB-3sdr: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sdr

タイトル

Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production

要素

Alpha-bisabolene synthase

キーワード

LYASE / TERPENE SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-bisabolene synthase / alpha-bisabolene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Abies grandis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a three-domain sesquiterpene synthase: a prospective target for advanced biofuels production.
著者: McAndrew, R.P. / Peralta-Yahya, P.P. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Hadi, M.Z. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sdr.cif.gz	336.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sdr.ent.gz	273.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3saeC 3sdqC 3sdtC 3sduC 3sdvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sdt-d 3sdv-d 3sdq-d 3sae-d 3s9v-2 1xed-d 3sdu-d 6ojr-d 6n8p-d 7lr6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-bisabolene synthase

ヘテロ分子

94.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.458, 54.479, 126.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1108- HOH

#1: タンパク質	Alpha-bisabolene synthase / (E)-alpha-bisabolene synthase / AgfEabis 分子量: 93855.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abies grandis (植物) / 遺伝子: ag1 / プラスミド: PSKB33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O81086, alpha-bisabolene synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-210 / PAMIDRONATE / (3-AMINO-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-PROPYL)PHOSPHONIC ACID / パミドロン酸分子量: 235.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₁₁NO₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 MM TRIS, 100 MM NACL, AND 23% (W/V) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 79523 / Num. obs: 79327 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / R_sym value: 0.833 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_778)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 1.86→38.292 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	1999	2.52 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1796	79277	99.31 %
all	-	79523	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.924 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3886 Å²	-0 Å²	0.7786 Å²
2-	-	12.1749 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.7863 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→38.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6311	0	17	506	6834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	8847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.728	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1120

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.8958	0.3054	131	0.2922	5093	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8958-1.947	0.3517	143	0.2721	5500	X-RAY DIFFRACTION	99
1.947-2.0043	0.2696	143	0.2134	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0043-2.069	0.2282	142	0.1989	5517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.069-2.143	0.2326	142	0.1892	5480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.2287	0.2465	144	0.1848	5537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2287-2.3302	0.2365	142	0.1882	5505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.453	0.2261	144	0.1813	5564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.6067	0.2065	143	0.1762	5554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6067-2.8079	0.2352	143	0.1811	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8079-3.0903	0.2012	144	0.1945	5561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0903-3.5372	0.2162	144	0.182	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5372-4.4554	0.1688	146	0.1559	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4554-38.3007	0.1999	148	0.1602	5751	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.607	0.3461	4.4062	1.2393	-0.1037	4.5928	-0.0361	0.6142	-0.264	-0.0939	0.0926	-0.1704	-0.0162	0.5716	0.0083	0.2859	-0.0232	0.0347	0.1947	-0.0413	0.2395	96.5462	25.2532	10.6651
2	2.6143	-0.3912	0.435	1.5549	-0.0539	2.1978	0.0083	0.2249	-0.3168	-0.121	-0.0094	0.0574	0.6197	-0.2232	0.0078	0.3751	-0.1071	-0.0148	0.0924	-0.0589	0.2209	57.6332	3.7393	9.2907
3	4.4373	-3.612	-0.7476	4.0282	-0.6551	1.5854	-0.3835	-0.6249	-0.5088	0.4645	0.4618	0.4308	0.334	-0.0055	-0.0713	0.3319	-0.1291	0.007	0.3208	0.0553	0.2346	50.9391	3.0915	26.9767
4	4.5374	0.2572	-1.62	1.1188	0.2218	4.773	0.0425	0.0499	0.1548	-0.0679	-0.0376	0.1545	0.1374	-0.4852	-0.009	0.2085	-0.0476	-0.0223	0.1977	-0.0019	0.2216	50.5465	19.8415	13.9086
5	4.5068	0.5174	-0.2816	1.7448	0.4948	2.3085	-0.0466	-0.3135	0.324	0.0067	-0.0058	0.303	-0.0306	-0.2029	0.0529	0.2001	0.0259	0.0004	0.1236	-0.0407	0.2293	71.3605	30.1322	22.9616
6	2.0675	0.516	0.0382	7.0203	2.0659	2.6617	0.1667	-0.43	-0.0491	0.6272	-0.202	0.1747	0.3704	-0.0769	0.0644	0.2417	-0.0629	0.0063	0.2265	0.0161	0.1597	73.0967	16.6607	33.4529
7	1.8769	0.6773	0.4036	0.5711	0.1421	0.5296	0.0772	-0.2955	-0.1471	0.0442	-0.0706	-0.1073	0.0573	0.1417	-0.0253	0.171	0.0013	0.0099	0.2376	-0.0063	0.1811	99.5013	26.3811	28.2417
8	1.7269	-0.4646	-0.0147	0.7056	0.0836	1.2603	-0.0217	-0.6977	0.419	0.1808	-0.0032	-0.07	-0.162	0.2396	0.062	0.2046	-0.0899	-0.0045	0.4851	-0.1323	0.2278	106.8825	45.2224	41.5049
9	2.3392	-0.1742	-0.5622	0.6962	0.0137	5.4174	0.1672	-1.1361	-0.6348	0.2053	-0.1289	0.1157	0.4807	-0.1485	0.1114	0.15	-0.1236	0.1016	0.5266	0.0084	0.1432	90.4034	32.4672	50.0875
10	3.2753	-0.975	-0.608	3.1813	1.2817	5.136	-0.1313	-0.6118	-0.4691	0.6925	0.0216	-0.0851	0.6464	0.1835	0.1296	0.2134	-0.0457	-0.023	0.3558	0.0413	0.3113	96.7499	25.1526	33.3522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 36:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:195)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 196:223)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 224:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 294:382)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 383:445)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 446:580)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 581:702)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 703:770)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 771:817)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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