PDB-3sdo: Structure of a Nitrilotriacetate monooxygenase from Burkholderia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sdo

タイトル

Structure of a Nitrilotriacetate monooxygenase from Burkholderia pseudomallei

要素

Nitrilotriacetate monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Nitrilotriacetate monooxygenase from Burkholderia pseudomallei
著者: Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Sankaran, B.

履歴

登録	2011年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sdo.cif.gz	330.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sdo.ent.gz	268.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sdo_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sdo_full_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示
XML形式データ	3sdo_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	3sdo_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yw1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mma-d 1v26-d 2w29-d 1d1b-d 4db1-1 3d0i-3 1w8j-2 1d0z-d 6z7t-2 2y0r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.17286.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Nitrilotriacetate monooxygenase

B: Nitrilotriacetate monooxygenase

ヘテロ分子

99.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.187, 92.783, 162.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nitrilotriacetate monooxygenase 分子量: 49676.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A1398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3JIP8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q3JIP8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis Tris Propane, pH 7.5, 20% PEG3350. 38.61 mg/mL. Cryoprotection 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.997→48.683 Å / Num. all: 59660 / Num. obs: 56755 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	3.1	0.368	6247	0.923	1	99.9
1.98-2.02	3.2	0.342	6174	0.942	1	100
2.02-2.06	3.2	0.291	6192	1.001	1	100
2.06-2.1	3.2	0.262	6193	1.063	1	99.9
2.1-2.15	3.3	0.226	6160	1.048	1	100
2.15-2.2	3.3	0.197	6244	1.074	1	100
2.2-2.25	3.3	0.18	6135	1.053	1	100
2.25-2.31	3.3	0.161	6234	1.077	1	99.9
2.31-2.38	3.3	0.142	6233	1.066	1	99.9
2.38-2.46	3.3	0.132	6169	1.058	1	99.9
2.46-2.54	3.3	0.119	6218	1.047	1	100
2.54-2.65	3.3	0.107	6224	1.041	1	100
2.65-2.77	3.3	0.098	6194	0.975	1	100
2.77-2.91	3.3	0.087	6242	0.969	1	99.9
2.91-3.1	3.3	0.081	6244	0.922	1	99.8
3.1-3.33	3.3	0.076	6229	0.972	1	99.4
3.33-3.67	3.3	0.071	6139	0.95	1	98
3.67-4.2	3.2	0.065	6123	0.914	1	97.3
4.2-5.29	3.2	0.053	6225	1.081	1	98.4
5.29-50	3.3	0.035	6380	0.948	1	97.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 54.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.68 Å
Translation	2.5 Å	48.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YW1

1yw1

解像度: 2→48.683 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.2092 / WR_factor R_work: 0.1737 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8771 / SU B: 7.58 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1816 / SU R_free: 0.1572 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2129	2887	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.1741	56755	95.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.74 Å² / B_iso mean: 27.3102 Å² / B_iso min: 5.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6368	0	12	490	6870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	6553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.94	8912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	10599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.554	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.427	22.564	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.516	15	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.626	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.657	1.5	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.157	1.5	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.19	2	6621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.844	3	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.986	4.5	2289

LS精密化シェル

解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	211	-
R_work	0.199	3752	-
all	-	3963	-
obs	-	-	90.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5092	0.0647	-0.0291	0.4893	-0.188	0.6886	-0.0056	0.0271	-0.0746	-0.0444	-0.0034	-0.0703	0.0651	0.0864	0.009	0.076	0.0212	0.0065	0.0948	-0.0223	0.0513	50.5968	83.6497	24.2615
2	0.395	-0.0433	0.0538	0.2799	0.0203	0.6648	-0.0214	0.0976	-0.0605	-0.049	0.0222	-0.0053	0.1316	-0.0272	-0.0008	0.0814	0.0162	0.0069	0.0641	-0.0184	0.0743	42.2386	76.4605	19.4191
3	2.8446	1.3623	0.8935	4.3138	0.4545	2.4425	0.0837	0.0118	0.013	-0.2371	-0.2404	0.3443	0.2282	-0.2189	0.1567	0.0525	0.0022	-0.0077	0.151	-0.081	0.0607	76.3329	83.2817	2.6169
4	0.5315	0.0513	-0.0363	0.5116	-0.2654	1.017	0.0171	0.069	0.0081	0.0023	-0.0058	-0.0206	-0.0048	0.016	-0.0114	0.0981	0.0203	-0.0036	0.1197	-0.0159	0.0537	42.2454	90.1999	9.8787
5	0.9465	-0.0539	-0.1667	0.3429	0.1715	1.0765	-0.0095	-0.0768	-0.1573	0.0653	-0.0117	-0.0086	0.128	0.0241	0.0212	0.1039	0.0151	-0.0023	0.0914	0.0178	0.0616	42.1553	80.3891	46.2712
6	0.5998	-0.1185	-0.4143	0.2703	0.1314	1.2625	-0.0687	-0.1467	-0.0626	0.0937	0.0028	-0.0117	0.1915	0.185	0.0659	0.0854	0.0185	-0.0203	0.1168	0.0101	0.0611	55.0191	80.0944	51.5597
7	3.9739	4.3632	-0.2619	11.6812	-0.2998	4.5241	-0.0968	-0.0987	-0.2538	-0.271	-0.051	-0.4254	-0.0485	0.2026	0.1478	0.267	0.0695	0.0361	0.2953	0.062	0.2309	25.375	66.515	64.34
8	0.3744	-0.1511	-0.4902	0.091	0.1952	1.1693	0.0193	-0.091	0.0129	0.0382	0.0153	-0.0166	-0.0687	0.1142	-0.0346	0.0942	-0.0048	-0.0204	0.095	-0.013	0.0261	46.3809	91.3388	61.1419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	148 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	299 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	359 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	147 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	294 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	367 - 441

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関連情報:EMDBヘッダ

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