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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sct | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rice BGlu1 E386G Mutant Complexed with Cellotetraose | |||||||||
要素 | Beta-glucosidase 7 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / BETA-ALPHA-BARRELS / GLYCOSYNTHASE / OLIGOSACCHARIDE SYNTHESIS / TRANSGLUCOSYLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Pengthaisong, S. / Withers, S.G. / Kuaprasert, B. / Ketudat Cairns, J.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases 著者: Pengthaisong, S. / Withers, S.G. / Kuaprasert, B. / Ketudat Cairns, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sct.cif.gz | 224.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sct.ent.gz | 175.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sct_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sct_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3sct_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sct_validation.cif.gz | 66.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sct | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 476 / Label seq-ID: 10 - 481
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54656.402 Da / 分子数: 2 / 変異: E386G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: ORION 遺伝子: BGLU1, BGLU7, LOC_Os03g49600, Os03g0703000, os3bglu7, OSJNBa0004L11.16 プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q75I93, beta-glucosidase #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 917分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | THIS CONFLICT IS IN GENBANK DATABASE AAA84906. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 22% PEG MME 5000, 0.22M ammonium sulfate, 0.1M MES, 0.002M cellotetraose, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 134069 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 13060 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2RGL 解像度: 1.6→25.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.504 / SU ML: 0.054 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.441 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.67 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3804 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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