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- PDB-3sbn: trichovirin I-4A in polar environment at 0.9 Angstroem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sbn
タイトルtrichovirin I-4A in polar environment at 0.9 Angstroem
要素Trichovirin I-4A
キーワードANTIBIOTIC / curved 310-helix / 3-10 HELIX / peptide antibiotic
機能・相同性Trichovirin I-4A / ACETONITRILE / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種Hypocrea rufa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Gessmann, R. / Axford, D. / Petratos, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Four complete turns of a curved 310-helix at atomic resolution: The crystal structure of the peptaibol trichovirin I-4A in polar environment suggests a transition to alpha-helix for membrane function
著者: Gessmann, R. / Axford, D. / Owen, R.L. / Bruckner, H. / Petratos, K.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trichovirin I-4A
B: Trichovirin I-4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8886
ポリマ－2,7412
非ポリマー1464
水28816
1
A: Trichovirin I-4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4533
ポリマ－1,3711
非ポリマー822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trichovirin I-4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4353
ポリマ－1,3711
非ポリマー642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.284, 9.896, 37.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Author states that the biologically significant oligomerization state in apolar environment is not represented in the monomeric structure. The stoichiometry of the oligomer in the membrane is unknown.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Trichovirin I-4A


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1370.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Equivalent to Harzianin HC-VI from Trichoderma harzianum
由来: (天然) Hypocrea rufa (菌類) / 株: NRRL 5243 / 参照: NOR: NOR00990, Trichovirin I-4A
#2: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR CONFIRMS THAT THERE ARE TWO IDENTICAL ANITBOTICS UNDER DIFFERENT NAMES FROM DIFFERENT SOUCES ...AUTHOR CONFIRMS THAT THERE ARE TWO IDENTICAL ANITBOTICS UNDER DIFFERENT NAMES FROM DIFFERENT SOUCES AS SEEN BETWEEN THE NORINE ENTRY NOR00990 USED FOR THE SEQUENCE REFERENCE AND THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.8 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: methanol, acetonitrile, water, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.7469
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月19日
詳細: OXFORD DANFYSIK/SESO TWO STAGE DEMAGNIFICATION USING TWO K-B PAIRS OF BIMORPH T YPE MIRRORS
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7469 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→37.3 Å / Num. obs: 13524 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 6.15 Å2 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 0.9→0.95 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
GDAデータ収集
ACORN位相決定
SHELXL精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.9→37.3 Å / Num. parameters: 2134 / Num. restraintsaints: 2263 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.128 679 5 %RANDOM
obs0.102 -98.4 %-
all-13524 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 230 / Occupancy sum non hydrogen: 212.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数196 0 10 16 222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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