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- PDB-3sb1: Hydrogenase expression protein HupH from Thiobacillus denitrifica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sb1
タイトルHydrogenase expression protein HupH from Thiobacillus denitrificans ATCC 25259
要素hydrogenase expression protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / HupH / hydrogenase expression protein
機能・相同性
機能・相同性情報


HupH hydrogenase expression protein, C-terminal domain / HupH hydrogenase expression protein, C-terminal / HupH, C-terminal domain superfamily / HupH hydrogenase expression protein, C-terminal conserved region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2620 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / HupH hydrogenase expression protein C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Ruan, J. / Leo, R.D. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hydrogenase expression protein HupH from Thiobacillus denitrificans ATCC 25259
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Ruan, J. / Leo, R.D. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hydrogenase expression protein
B: hydrogenase expression protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9314
ポリマ－34,6892
非ポリマー2422
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.306, 39.291, 65.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-137-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 17 - 136 / Label seq-ID: 41 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 hydrogenase expression protein


分子量: 17344.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
株: ATCC 25259 / 遺伝子: Tbd_1379 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q3SJ38
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 15% PEG6000, 5% Glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.06885 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 23758 / Num. obs: 23758 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 62.7
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / Num. unique all: 1211 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.93 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19863 1214 5.1 %RANDOM
Rwork0.16704 ---
obs0.16865 22523 99.06 %-
all-22523 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 16 162 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.9662672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92333107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5555259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.1122.72777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.3115300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7171517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5861.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5381.5506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7922020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3023693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9124.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1318 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.855
loose thermal3.0110
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 96 -
Rwork0.198 1630 -
obs--97.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80230.09460.26232.02530.63091.77080.064-0.22930.16870.2070.0310.05750.0125-0.0463-0.0950.06880.00160.01020.111-0.02160.0848-13.74989.481712.6278
20.4052-0.12760.16290.345-0.07390.75990.0387-0.00550.0771-0.0676-0.034-0.0580.0044-0.0043-0.00470.04350.00070.01710.0060.00180.0219-11.25779.4024-8.1302
32.6791-1.0999-0.29912.190.5653.57460.00990.2539-0.2337-0.30210.0490.02350.28790.2432-0.05890.14610.01050.0290.0837-0.04590.0466-7.949-2.8508-27.1671
40.7245-0.0435-0.07530.29890.18860.92470.01230.0332-0.1356-0.00410.01090.00870.02280.0118-0.02320.01690.0099-0.0070.0094-0.01130.0322-8.2069-1.032-6.1287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3B17 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4B66 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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