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- PDB-3s9v: abietadiene synthase from Abies grandis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s9v
タイトルabietadiene synthase from Abies grandis
要素Abietadiene synthase, chloroplastic
キーワードLyase / isomerase / Alpha bundle/barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


neoabietadiene synthase / abieta-7,13-diene synthase / abietadiene synthase activity / copalyl diphosphate synthase activity / copalyl diphosphate synthase / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / : / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Glycosyltransferase - #160 / : / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional abietadiene synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Abies grandis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, K. / Hoy, J.A. / Mann, F.M. / Honzatko, R.B. / Peters, R.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Insights into diterpene cyclization from structure of bifunctional abietadiene synthase from Abies grandis.
著者: Zhou, K. / Gao, Y. / Hoy, J.A. / Mann, F.M. / Honzatko, R.B. / Peters, R.J.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abietadiene synthase, chloroplastic
B: Abietadiene synthase, chloroplastic
C: Abietadiene synthase, chloroplastic
D: Abietadiene synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,3464
ポリマ－364,3464
非ポリマー00
水23,9061327
1
A: Abietadiene synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0871
ポリマ－91,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Abietadiene synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0871
ポリマ－91,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Abietadiene synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0871
ポリマ－91,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Abietadiene synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0871
ポリマ－91,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.840, 189.085, 99.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Abietadiene synthase, chloroplastic / (-)-abieta-7(8) / 13(14)-diene synthase / Abietadiene cyclase / Agggabi / Abietadiene synthase / ...(-)-abieta-7(8) / 13(14)-diene synthase / Abietadiene cyclase / Agggabi / Abietadiene synthase / Copalyl diphosphate synthase


分子量: 91086.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abies grandis (植物) / 遺伝子: ag22, ac22 / プラスミド: pSBET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q38710, abieta-7,13-diene synthase, copalyl diphosphate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 25% PEG 8000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M ammonium dibasic phosphate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.4 % / Av σ(I) over netI: 18.46 / 数: 271627 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 3.72 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 61432 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.785092.210.08616.6144.2
5.386.7810010.09411.1374.7
4.75.3899.810.0716.7154.6
4.274.799.910.0665.3124.4
3.974.2799.910.0724.5194.5
3.733.9710010.0823.864.6
3.553.7310010.0923.3414.6
3.393.5599.910.1042.7664.6
3.263.3910010.1162.2684.5
3.153.2610010.1392.1284.5
3.053.1510010.1551.7634.4
2.963.0599.610.1961.6924.4
2.892.9699.710.2441.5844.3
2.822.8999.810.2951.4584.3
2.752.8299.510.3411.424.3
2.692.7599.110.3821.3284.3
2.642.6998.910.4621.314.3
2.592.6498.710.5651.264.3
2.542.5998.610.6111.1974.2
2.52.5498.410.7391.5244.3
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 148465 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 2.048 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3430.3673411.186196.6
2.34-2.383.10.33173461.228196.7
2.38-2.433.20.3173031.161196.7
2.43-2.483.20.27174011.232197.8
2.48-2.533.20.24874571.236198.4
2.53-2.593.20.22375091.323199.1
2.59-2.663.20.275611.355199.4
2.66-2.733.20.18375541.457199.3
2.73-2.813.30.1675191.598199.2
2.81-2.93.30.14675101.77199.1
2.9-33.30.12475271.892198.9
3-3.123.30.10774742.027198.7
3.12-3.263.30.08974582.098198.9
3.26-3.443.30.07775452.263198.3
3.44-3.653.20.06974352.469198.2
3.65-3.933.20.06973863.205197.3
3.93-4.333.20.0673963.404197.1
4.33-4.953.20.05273693.189196.3
4.95-6.243.10.05772793.44195.2
6.24-5030.04870953.643192

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MRRfactor: 35.11 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å45.95 Å
Translation2.3 Å45.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 14818 9.7 %random
Rwork0.1974 ---
all-152264 --
obs-148289 97.4 %-
溶媒の処理Bsol: 34.1245 Å2
原子変位パラメータBiso max: 120.09 Å2 / Biso mean: 34.3214 Å2 / Biso min: 2.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.508 Å20 Å20.334 Å2
2---9.056 Å20 Å2
3---17.564 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24754 0 0 1327 26081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.3492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.4834
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.6634
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.566
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.339 281
Rwork0.29 -
obs-2350
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param \par
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param \par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param \par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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