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- PDB-3s8m: The Crystal Structure of FabV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8m
タイトルThe Crystal Structure of FabV
要素Enoyl-ACP Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / NADH Binding / FATTY ACID SYNTHESIS / enoyl-ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NAD+) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Trans-2-enoyl-CoA reductase / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic domain, putative / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic region / NAD(P)H binding domain of trans-2-enoyl-CoA reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Li, H. / Zhang, X.L. / Bi, L.J. / He, J. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Determination of the Crystal Structure and Active Residues of FabV, the Enoyl-ACP Reductase from Xanthomonas oryzae.
著者: Li, H. / Zhang, X. / Bi, L. / He, J. / Jiang, T.
履歴
登録2011年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-ACP Reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2471
ポリマ－46,2471
非ポリマー00
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.52, 74.53, 107.39
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-ACP Reductase


分子量: 46247.066 Da / 分子数: 1 / 変異: E192D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: KS-1-21 / 遺伝子: Xanthomonas oryzae, XOO0026 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q2P9J6, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE FIRST TWO METHIONINES WERE NOT SEEN IN THE STRUCTURE. THEREFORE, COULD NOT ...AUTHORS STATE THAT THE FIRST TWO METHIONINES WERE NOT SEEN IN THE STRUCTURE. THEREFORE, COULD NOT BE POSSIBLE TO CONCLUDE WHERE THOSE WERE MET OR MSE. D192 IS A NATURAL MUTATION WHICH MAY BE SPECIES-SPECIFIC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 1 mM DTT and 15% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97902, 0.97930
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979021
20.97931
反射解像度: 1.6→19.89 Å / Num. all: 53994 / Num. obs: 53994 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.13 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.205 / Net I/σ(I): 64.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 14.3 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.89 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2051 2000 3.7 %RANDOM
Rwork0.1852 ---
obs0.1859 53994 99.53 %-
all-53994 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.022 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0597 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.6693 Å20 Å2
3----2.3903 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 0 0 277 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0094122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8731082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.65720.1871960.14715090528699
1.6572-1.72350.19961970.16395110530799
1.7235-1.80190.21241980.16895148534699
1.8019-1.89680.19881970.172251255322100
1.8968-2.01550.1971990.183551905389100
2.0155-2.1710.19171980.183651605358100
2.171-2.38910.22612010.186452185419100
2.3891-2.73410.21822020.197452385440100
2.7341-3.44170.22332030.206652755478100
3.4417-19.89160.18392090.17455440564999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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