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- PDB-3s8g: 1.8 A structure of ba3 cytochrome c oxidase mutant (A120F) from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8g
タイトル1.8 A structure of ba3 cytochrome c oxidase mutant (A120F) from Thermus thermophilus in lipid environment
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex IV / Electron transport / Proton pump / Respiratory chain / Membrane protein / Lipid cubic phase / monoolein / peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PEROXIDE ION / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: High resolution structure of the ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus in a lipidic environment.
著者: Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,85828
ポリマ－85,9673
非ポリマー8,89125
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.963, 98.636, 95.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63616.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaB, cbac, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c ba(3) subunit IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 7種, 250分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#6: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#8: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 40-45% PEG 400, 1.0-1.6M NaCl, 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 5.5-6.5, lipidic cubic phase with monolein, temperature 293K
PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 95365 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.735 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.863.50.59290021.129192.5
1.86-1.944.60.50695301.233198.1
1.94-2.0350.37796161.304199.1
2.03-2.135.10.28896311.485199.2
2.13-2.275.20.21296511.763199.2
2.27-2.445.20.17596652.002199.1
2.44-2.695.20.13896352.169199.1
2.69-3.085.20.1196222.137198.7
3.08-3.885.30.09495722.128197.9
3.88-505.30.06694411.638195.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.99 Å39.48 Å
Translation1.99 Å39.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.2166 / WRfactor Rwork: 0.1885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8468 / SU B: 4.048 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1133 / SU Rfree: 0.1101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 4759 5 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1758 95350 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.43 Å2 / Biso mean: 26.2448 Å2 / Biso min: 6.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 523 225 6644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.98311337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1317.51504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22822.275233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13915905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4221527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0228033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6111.53757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02626074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64232906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4994.52956
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 326 -
Rwork0.299 6203 -
all-6529 -
obs--91.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4128-1.68341.88772.1492-1.30461.48190.0212-0.2636-0.23790.2716-0.0435-0.2940.14980.16410.02230.26480.0745-0.0010.3040.03530.220535.211711.44237.292
23.29291.9345-0.72251.2434-0.45830.26090.0723-0.1296-0.02260.0523-0.0899-0.1056-0.07350.09990.01760.0916-0.0006-0.00170.0892-0.00140.08314.53442.351140.2093
30.1868-0.002-0.08761.26270.63261.44180.0395-0.18560.10620.3635-0.0171-0.1718-0.0370.1082-0.02240.1678-0.0213-0.0140.2179-0.05110.1643-3.5731-7.62447.8651
40.7710.28230.01320.71860.01460.32940.0495-0.07770.0861-0.0135-0.0357-0.0722-0.08950.1263-0.01370.10210.0022-0.010.0941-0.00330.078614.90248.266834.1504
50.50740.31970.00750.2870.02610.06770.0282-0.08540.08220.0541-0.0161-0.0132-0.06120.0386-0.01210.10880.0008-0.00640.0932-0.00130.09721.268113.381338.0682
61.44760.5454-0.83380.8124-0.12061.49110.10210.15060.136-0.21440.0144-0.2109-0.22530.2045-0.11650.19820.01870.0360.15720.01990.206726.647716.929917.534
72.2089-0.5343-0.89460.62470.14781.07460.07950.0420.1179-0.011-0.02750.0141-0.1006-0.0873-0.05210.1216-0.0165-0.01570.09980.00120.10986.404915.496524.5833
82.341-0.9539-0.15441.2920.00930.80430.0055-0.01660.07180.0010.0109-0.0475-0.00930.0045-0.01640.1031-0.0377-0.01160.06590.00160.05859.04133.874822.7324
91.14450.4899-0.19660.2821-0.08040.52560.01750.1420.071-0.04660.00180.0019-0.034-0.0128-0.01930.10890.01090.00290.09310.00680.08871.35664.556612.9138
103.0622-1.48270.40782.1743-0.19281.23090.07610.13570.0258-0.0766-0.0806-0.08160.06070.08710.00440.1234-0.01740.0070.1117-0.00090.105116.918-8.483512.9188
112.247-0.931-1.21081.94940.08722.82380.00710.3551-0.3367-0.29280.0229-0.01260.28020.0181-0.030.1639-0.0028-0.00080.1855-0.01210.195326.3656-21.104219.9953
120.66260.0267-0.19720.48410.12320.32780.00750.05980.0028-0.0168-0.0098-0.0210.0120.04130.00220.0707-0.00330.00550.05360.00260.05614.3165-7.787224.0462
130.35380.8508-0.392.2475-0.98050.44820.0154-0.0673-0.00370.0927-0.0274-0.0988-0.00090.03030.0120.13490.0075-0.00070.1439-0.0080.136828.1648-6.021137.6217
141.2748-0.22890.21710.63970.02220.4649-0.0054-0.0299-0.07530.0384-0.00260.01870.04060.00360.00790.0852-0.00470.00160.06030.00430.0576-1.1657-13.097434.0835
154.20151.70360.72332.45110.50151.5990.0596-0.1071-0.06440.1047-0.0172-0.1458-0.01680.0732-0.04250.12340.02260.02330.08550.00720.08364.0888-15.247239.8563
161.04610.3823-0.23280.3041-0.08720.14570.0951-0.41910.05630.177-0.0924-0.142-0.08540.1932-0.00260.2846-0.0056-0.02530.3177-0.02210.285229.0716-2.151246.1356
172.39620.27361.5382.0491-0.65113.42230.0272-0.15430.00370.26390.0786-0.2912-0.00350.3695-0.10580.15990.01410.00960.1847-0.00990.194934.8885-0.220628.4776
180.2175-0.07360.10780.2759-0.07250.05860.06030.30230.0501-0.3334-0.0944-0.09060.07510.14890.03410.42040.08060.05010.42370.03950.265627.87931.08393.7336
194.1721-2.2069-0.63621.4520.63410.54810.05980.15820.1077-0.1044-0.0279-0.1157-0.03910.0507-0.03180.1709-0.0057-0.00230.1580.00550.154213.232213.82157.8855
200.58670.0074-0.90360.0927-0.03721.54270.06160.11310.0949-0.04530.00260.0063-0.1709-0.1187-0.06420.1285-0.0143-0.01080.1207-0.00330.1379-12.165515.803724.4843
210.89970.7580.2350.88170.45411.72320.0104-0.0277-0.18220.11720.0298-0.37470.29390.4494-0.04020.2426-0.0011-0.01660.23720.00170.296131.77-12.30265.4492
224.3718-0.2993-0.39670.27-0.32210.94620.01040.123-0.0049-0.083-0.0329-0.13560.05530.17810.02250.1582-0.00850.0150.1452-0.01740.178118.4284-10.76414.0076
236.7299-0.5243-1.08880.63211.28642.82780.0027-0.05830.01680.073-0.00620.0092-0.02490.01610.00360.1571-0.0018-0.00220.1435-0.00140.13996.1734-9.90894.0411
242.2099-1.1126-0.15060.98530.01331.4857-0.00190.1152-0.0132-0.05740.00880.0110.0004-0.0138-0.0070.1318-0.0007-0.00070.1178-0.00030.1204-5.8329-7.44215.0661
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271.70970.5561-0.74711.077-0.69752.00120.01140.02580.0072-0.0367-0.0002-0.0378-0.03970.0408-0.01110.15230.0041-0.00590.14890.00120.161-24.489215.521724.7385
283.2654-1.3352-1.3972.66390.51630.74230.0272-0.14060.14620.1661-0.0138-0.0263-0.1264-0.0506-0.01340.1640.0271-0.01490.1622-0.01220.1436-32.478110.872529.5731
290.49930.33141.14120.51831.26188.1839-0.06180.1885-0.0653-0.2311-0.01150.0681-0.1155-0.20480.07330.16520.0471-0.02830.1842-0.0330.1636-37.97151.871721.001
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310.9197-0.4758-0.66083.59043.718911.3040.05280.0277-0.197-0.0014-0.05440.17940.3874-0.27610.00170.09720.005-0.00080.1050.00710.1184-33.1725-5.124527.9252
326.38111.43580.6095.14833.11134.1793-0.11930.2394-0.2113-0.25290.1238-0.04660.2707-0.1688-0.00460.12890.0119-0.00570.1436-0.00170.126-32.4008-7.895215.3493
330.95790.42180.74320.84750.78321.2374-0.03830.02840.0281-0.0809-0.03740.1151-0.0413-0.11320.07580.0954-0.00070.00430.09340.00520.0955-23.48345.667626.5884
341.13450.4640.42453.49153.20273.0095-0.00950.0474-0.14990.00620.00690.0110.0841-0.00150.00260.0875-0.00220.0010.07850.00890.0708-19.6989-5.400426.1006
351.0331-0.1613-0.24264.01181.90391.13220.03120.01090.1141-0.1756-0.0158-0.0479-0.1286-0.016-0.01550.0832-0.00120.00010.090.00830.0719-18.23593.220123.58
360.53292.03850.58419.54082.86051.0129-0.05460.12680.0353-0.30740.00030.2651-0.0471-0.07680.05430.10160.00410.00910.1778-0.00680.1125-24.436-0.477316.7711
370.36370.86050.22074.9712.1745.4671-0.07340.1048-0.2913-0.3356-0.0164-0.42980.59460.34190.08980.1740.01960.0310.1779-0.04910.2838-28.353-14.486118.7733
382.91291.0221.58662.95311.30722.89870.047-0.0061-0.2043-0.0091-0.02840.21220.2568-0.233-0.01860.09240.010.00630.09160.00350.0879-23.7237-9.815929.1427
391.75060.6350.71031.39710.34651.79440.0311-0.1272-0.0010.0797-0.0443-0.00350.0211-0.02250.01330.05530.01050.00350.0509-0.00030.059-16.9665-2.141736.4514
405.57551.16393.95626.50315.484410.82890.11460.1429-0.4796-0.0841-0.1590.62080.7104-0.7860.04440.1859-0.0492-0.01170.18380.02010.1458-33.8482-12.280323.4552
417.2014-1.4053-4.14182.2094-0.20714.7491-0.00520.2786-0.3441-0.3493-0.0215-0.28720.38180.33780.02670.16830.0021-0.01390.2207-0.05510.21620.1128-19.09458.0609
424.9084-1.87870.14270.9389-0.39061.04790.01470.1947-0.2013-0.1203-0.0239-0.02320.16390.04560.00930.1315-0.01380.01940.1246-0.0190.13959.8892-17.583112.44
433.2231-1.23861.05081.8032-0.61370.41830.0460.0786-0.1236-0.0946-0.02080.03060.09620.011-0.02520.122-0.00450.00430.107-0.00250.1058-0.4804-14.735314.0117
444.97560.09480.61063.67670.59121.12760.01920.23970.0345-0.2334-0.0273-0.05480.04720.02890.00810.10420.0005-0.00190.09830.00010.1033-9.1748-14.858813.3222
453.76431.8931-1.45174.318-0.25882.5074-0.03130.17680.0215-0.14050.04180.20860.0495-0.3355-0.01040.10290.0071-0.00180.1042-0.00130.1105-16.4316-12.813314.5858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4A62 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5A112 - 158
6X-RAY DIFFRACTION6A159 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7A180 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8A216 - 261
9X-RAY DIFFRACTION9A262 - 303
10X-RAY DIFFRACTION10A304 - 324
11X-RAY DIFFRACTION11A325 - 343
12X-RAY DIFFRACTION12A344 - 398
13X-RAY DIFFRACTION13A399 - 419
14X-RAY DIFFRACTION14A420 - 461
15X-RAY DIFFRACTION15A462 - 486
16X-RAY DIFFRACTION16A487 - 499
17X-RAY DIFFRACTION17A500 - 510
18X-RAY DIFFRACTION18A511 - 521
19X-RAY DIFFRACTION19A522 - 539
20X-RAY DIFFRACTION20A540 - 562
21X-RAY DIFFRACTION21B3 - 8
22X-RAY DIFFRACTION22B9 - 19
23X-RAY DIFFRACTION23B20 - 25
24X-RAY DIFFRACTION24B26 - 36
25X-RAY DIFFRACTION25B37 - 42
26X-RAY DIFFRACTION26B43 - 49
27X-RAY DIFFRACTION27B50 - 58
28X-RAY DIFFRACTION28B59 - 65
29X-RAY DIFFRACTION29B66 - 76
30X-RAY DIFFRACTION30B77 - 91
31X-RAY DIFFRACTION31B92 - 97
32X-RAY DIFFRACTION32B98 - 103
33X-RAY DIFFRACTION33B104 - 113
34X-RAY DIFFRACTION34B114 - 121
35X-RAY DIFFRACTION35B122 - 131
36X-RAY DIFFRACTION36B132 - 138
37X-RAY DIFFRACTION37B139 - 143
38X-RAY DIFFRACTION38B144 - 149
39X-RAY DIFFRACTION39B150 - 163
40X-RAY DIFFRACTION40B164 - 168
41X-RAY DIFFRACTION41C4 - 9
42X-RAY DIFFRACTION42C10 - 17
43X-RAY DIFFRACTION43C18 - 23
44X-RAY DIFFRACTION44C24 - 29
45X-RAY DIFFRACTION45C30 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る