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- PDB-3s7z: Crystal Structure of Putative Aspartate Racemase from Salmonella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7z
タイトルCrystal Structure of Putative Aspartate Racemase from Salmonella Typhimurium Complexed with Succinate
要素Putative aspartate racemase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha beta fold / racemase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


amino-acid racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / SUCCINIC ACID / Aspartate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Maltseva, N. / Zhang, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Aspartate Racemase from Salmonella Typhimurium Complexed with Succinate.
著者: Maltseva, N. / Zhang, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aspartate racemase
B: Putative aspartate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6966
ポリマ－59,0932
非ポリマー6034
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
2
B: Putative aspartate racemase
ヘテロ分子

A: Putative aspartate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6966
ポリマ－59,0932
非ポリマー6034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
Buried area2160 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.826, 84.826, 114.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Putative aspartate racemase


分子量: 29546.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM4510 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8ZJZ9
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 31375 / Num. obs: 31375 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 17.42 Å2 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1542 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
RESOLVEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.002→45.065 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1576 5.05 %random
Rwork0.148 ---
all0.15 31201 --
obs0.15 31201 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.05 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.795 Å20 Å2-0 Å2
2--2.795 Å2-0 Å2
3----5.5899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→45.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 40 293 3865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2815416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8481494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0021-2.06670.22991400.15972681282198
2.0667-2.14060.22791260.16152623274999
2.1406-2.22630.17441440.15392700284499
2.2263-2.32760.20631400.144626862826100
2.3276-2.45030.21031440.146826932837100
2.4503-2.60380.1811670.151826502817100
2.6038-2.80480.19441370.154327102847100
2.8048-3.0870.21911360.166627162852100
3.087-3.53360.19261380.153527212859100
3.5336-4.45130.15691430.128427222865100
4.4513-45.07640.15271610.138827232884100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2793.1444-3.3466.8955-4.14686.6045-0.2830.5141-0.0464-0.6147-0.0233-0.43650.42680.13150.28150.12330.02520.0290.13420.06040.159741.39538.98041.069
20.5162-0.05250.10240.67910.22892.9011-0.01630.02260.0247-0.0008-0.1058-0.0803-0.03520.00710.14520.08150.0085-0.00410.07750.03490.123534.44276.89185.3699
32.4997-0.5687-1.3921.49190.51767.2618-0.029-0.0874-0.01910.0679-0.0454-0.343-0.07890.60360.04780.1042-0.031-0.05250.18940.0540.226548.43636.719210.9461
40.3754-0.3329-0.51431.31580.16181.562-0.08070.05610.1966-0.0415-0.0152-0.2748-0.2850.31260.06440.1452-0.0474-0.03630.16410.0480.160840.222516.96219.6238
51.1438-1.12551.42553.6561-2.86073.1534-0.1769-0.13680.20650.34980.11310.0518-0.6151-0.10350.09290.19910.018-0.01920.1160.00490.135526.071123.867116.6494
61.8797-0.0196-0.3993.4208-0.58522.5047-0.0181-0.1631-0.04310.19520.02240.2416-0.0947-0.29-0.01710.0967-0.00050.0080.1510.02410.117819.113912.391319.7946
70.9832-0.2750.12372.3509-0.40662.8424-0.19330.10830.0501-0.0395-0.02520.0909-0.016-0.26790.2150.09270.0099-0.04280.11330.0070.116426.798614.40163.7846
82.2535-0.93771.71124.8556-2.04918.5036-0.2553-0.12860.08950.5847-0.1768-0.5734-0.22250.85590.4160.11470.0259-0.01870.20420.06510.172644.1467-5.80794.6576
90.4120.24970.06120.8218-0.02851.0856-0.01730.0309-0.0929-0.0476-0.0372-0.16450.14270.17280.05410.09860.0430.0390.12690.04170.145836.7283-10.7204-6.735
100.8506-0.08910.50391.1199-0.46182.0816-0.0628-0.08980.0111-0.03470.06340.1260.0447-0.3830.01120.09710.00740.04220.13520.0260.134523.8133-10.1247-7.1943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:12)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 13:60)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 61:74)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 75:111)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 112:140)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 141:191)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 192:232)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq -2:12)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 13:148)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 149:232)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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