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- PDB-3s6l: Crystal structure of a YadA-like head domain of the trimeric auto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6l
タイトルCrystal structure of a YadA-like head domain of the trimeric autotransporter adhesin BoaA from Burkholderia pseudomallei solved by iodide ion SAD phasing
要素Hep_Hag family
キーワードCELL ADHESION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / trimeric autotransporter adhesin / TAA / BoaA / BoaB / BpaA / YadA / collagen / left handed beta-roll / cell surface / iodide ion / SAD phasing / melioidosis / respiratory track / epithelial cells
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Hep_Hag family
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a YadA-like head domain of the trimeric autotransporter adhesin BoaA from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Lafontaine, E.R. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月20日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hep_Hag family
B: Hep_Hag family
C: Hep_Hag family
D: Hep_Hag family
E: Hep_Hag family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,779100
ポリマ－81,0555
非ポリマー8,72495
水5,945330
1
A: Hep_Hag family
B: Hep_Hag family
C: Hep_Hag family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,64656
ポリマ－48,6333
非ポリマー5,01453
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hep_Hag family
ヘテロ分子

D: Hep_Hag family
ヘテロ分子

D: Hep_Hag family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,39360
ポリマ－48,6333
非ポリマー4,76057
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
3
E: Hep_Hag family
ヘテロ分子

E: Hep_Hag family
ヘテロ分子

E: Hep_Hag family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,00572
ポリマ－48,6333
非ポリマー6,37269
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.000, 144.000, 144.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-203-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 11 - 157 / Label seq-ID: 16 - 162

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE

-
要素

#1: タンパク質
Hep_Hag family


分子量: 16210.981 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP Residues 1381-1553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A2381 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JFX2
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: BupsA.01663.c.A9 at 22.5 mg/mL against JCSG+ screen E7 focus screen, 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 6.9, 0.2 M ZnCl2 soaked with 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 7.5, 0.2 M ...詳細: BupsA.01663.c.A9 at 22.5 mg/mL against JCSG+ screen E7 focus screen, 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 6.9, 0.2 M ZnCl2 soaked with 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 7.5, 0.2 M ZnCl2, 0.7 M NaI, 22% ethylene glycol for 1 minute, crystal tracking ID 218438h2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1425650 / Rmerge(I) obs: 0.176 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 66772 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
11.1828.871894.110.038
7.9111.18136810010.082
6.467.91177310010.073
5.596.46209099.710.111
55.59239210010.124
4.565262110010.07
4.234.56286099.710.078
3.954.23306410010.115
3.733.95329510010.12
3.543.73340810010.145
3.373.54365910010.175
3.233.37376010010.222
3.13.23400099.910.241
2.993.1410410010.248
2.892.99429510010.309
2.82.89436299.910.387
2.712.8455610010.423
2.642.71470010010.431
2.572.64483910010.489
2.52.57490810010.628
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 44378 / Num. obs: 44337 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 31.861 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 17.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.3-2.3612.10.6334.663920532523251100
2.36-2.420.5765.0238331316599.9
2.42-2.490.5285.33370053054100
2.49-2.570.4156.61368353027100
2.57-2.660.3038.72351282878100
2.66-2.750.2659.66346192831100
2.75-2.850.24910.05331052700100
2.85-2.970.19412.35321632620100
2.97-3.10.1416.39307932503100
3.1-3.250.13317.1298022421100
3.25-3.430.11519.59283652304100
3.43-3.640.08725.6626685216199.8
3.64-3.890.06831.42250862040100
3.89-4.20.06932.29232831901100
4.2-4.60.05241.0721366176799.9
4.6-5.140.05439.63191201604100
5.14-5.940.07930.89167451414100
5.94-7.270.0638.11135711217100
7.27-10.290.06136.3510075953100
10.290.0445.99489152694.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 29.41 Å / FOM : 0.618 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.464 / 反射: 34590 / Reflection acentric: 32105 / Reflection centric: 2483
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.67-11.540.5390.5930.31725920851
8.49-9.670.6460.6620.55529525045
7.66-8.490.6310.6520.52233928554
7.03-7.660.6460.670.49136831850
6.54-7.030.630.6690.38238833553
6.14-6.540.6020.6290.40442637650
5.8-6.140.6510.6720.49243838850
5.51-5.80.6320.6480.50546541550
5.26-5.510.6660.6790.54849744651
5.05-5.260.6590.670.55750045149
4.85-5.050.6690.6930.43650746047
4.68-4.850.6460.6640.46156451351
4.53-4.680.660.6810.44555350350
4.39-4.530.6460.6690.40760555154
4.26-4.390.6430.6570.46458253943
4.14-4.260.6070.6320.33763157754
4.03-4.140.60.6210.34662757948
3.93-4.030.5980.6140.41565660650
3.84-3.930.6210.6390.40364559649
3.75-3.840.6070.6290.34169364053
3.67-3.750.6150.6290.43569564451
3.59-3.670.6010.6160.38471666848
3.52-3.590.5870.6030.36170265547
3.46-3.520.5820.5940.42273568550
3.39-3.460.5840.5980.39875470153
3.33-3.390.5780.5890.39877572946
3.27-3.330.5750.5830.44976471846
3.22-3.270.5860.5950.45480175348
3.17-3.220.570.580.43380275151
3.12-3.170.5840.5980.37682176853
3.07-3.120.5780.5870.41181376845
3.03-3.070.5880.5970.45986080852
2.98-3.030.580.5880.44285280151
2.94-2.980.570.5770.43585480945
2.9-2.940.5860.5950.42986381548
2.86-2.90.60.6040.54687481856
2.83-2.860.6170.6240.48288884840
2.79-2.830.610.6150.53491886751
2.76-2.790.6350.6430.4994188754
2.73-2.760.6180.6260.47492888147
2.69-2.730.6410.6480.52593788453
2.66-2.690.6410.6440.57894490143
2.63-2.660.660.6620.62298793255
2.61-2.630.6560.660.5794990247
2.58-2.610.6330.6340.6196892344
2.55-2.580.6370.640.596103297260
2.53-2.550.6970.70.641101997147
2.5-2.530.7190.7230.64598593649

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.1828 / WRfactor Rwork: 0.1573 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.8828 / SU B: 7.634 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.2089 / SU Rfree: 0.1734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 2222 5 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1764 44216 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.97 Å2 / Biso mean: 24.8705 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 95 330 5354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9116771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1725772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36825.928167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0915565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9241519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.53755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07125759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14331224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3634.51012
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 915 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.190.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.430.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.220.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.210.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.260.5
1AMEDIUM THERMAL0.82
2BMEDIUM THERMAL0.872
3CMEDIUM THERMAL0.852
4DMEDIUM THERMAL1.492
5EMEDIUM THERMAL1.112
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 155 -
Rwork0.213 3100 -
all-3255 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48560.2923-0.07431.6527-0.16630.295-0.02340.0272-0.0573-0.06670.0293-0.03950.0086-0.0048-0.00590.04780.01460.02670.0795-0.01090.04094.554640.758239.1765
20.62760.1453-0.061.54470.12160.1561-0.0476-0.05890.00920.02990.02170.12310.0096-0.08490.02590.05850.02810.02420.09650.00080.0202-5.176344.22745.4325
30.92170.4847-0.03761.7620.00350.0742-0.0825-0.1115-0.070.17610.0871-0.1080.0270.0415-0.00460.06560.03590.0020.0933-0.00410.0125.225741.350751.0638
40.5540.3361-0.25510.7546-0.40130.49240.0097-0.1367-0.00750.0512-0.0327-0.00540.02480.03090.0230.0579-0.00350.01630.08080.01920.0303-27.684241.262136.7467
50.8020.48730.75430.72640.61570.9079-0.007-0.02710.11490.0269-0.05160.1014-0.0271-0.03470.05860.03830.02560.03340.03920.01390.058417.809427.118724.2986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5E11 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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