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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s6l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a YadA-like head domain of the trimeric autotransporter adhesin BoaA from Burkholderia pseudomallei solved by iodide ion SAD phasing | ||||||
![]() | Hep_Hag family | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / trimeric autotransporter adhesin / TAA / BoaA / BoaB / BpaA / YadA / collagen / left handed beta-roll / cell surface / iodide ion / SAD phasing / melioidosis / respiratory track / epithelial cells | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a YadA-like head domain of the trimeric autotransporter adhesin BoaA from Burkholderia pseudomallei 著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Lafontaine, E.R. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 11 - 157 / Label seq-ID: 16 - 162
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16210.981 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP Residues 1381-1553 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A2381 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: BupsA.01663.c.A9 at 22.5 mg/mL against JCSG+ screen E7 focus screen, 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 6.9, 0.2 M ZnCl2 soaked with 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 7.5, 0.2 M ...詳細: BupsA.01663.c.A9 at 22.5 mg/mL against JCSG+ screen E7 focus screen, 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 6.9, 0.2 M ZnCl2 soaked with 6% isopropanol, 0.1 M Na cacodylate pH 7.5, 0.2 M ZnCl2, 0.7 M NaI, 22% ethylene glycol for 1 minute, crystal tracking ID 218438h2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日 / 詳細: VariMax | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 1425650 / Rmerge(I) obs: 0.176 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 66772 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 44378 / Num. obs: 44337 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 31.861 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 17.43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 29.41 Å / FOM : 0.618 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.464 / 反射: 34590 / Reflection acentric: 32105 / Reflection centric: 2483 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.97 Å2 / Biso mean: 24.8705 Å2 / Biso min: 2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 915 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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